在分子动力学模拟方面,有很多软件可以使用,象Material Studio4.0,HyperChem,Tinker4.2,Guass03等这些都是在windows下的可视化界面,使用方面,在构建分子模拟方面很有用,特别是Material Studio4.0,功能比较强大.强烈推荐使用,网上都可免费下载到.而真正进行比较精确的分子模拟计算,都是对源代码进行修改后使用,这些原代码软件包有LAMMPS2007(最新版本,用C++写的,下载网址:http://lammps.sandia.gov),Gromacs,DL-POLY等.也是免费下载的,不过这些都是在Linux操作系统下运行的,如果不熟悉Linux操作系统那就还要学习一下了.

Material Studio？免费么？HyperChem似乎也不免费吧。

hyperchem不免费，而且挺贵
material studio也没听说过免费，上学期软件公司还派人来到我们学校推销material studio

至少Hyperchem有30天可用的评估版，
而且是windows平台的，拿来做入门学习还是可以的

这两个软件都可以下到了呀 我们课题组都有的 谁说不是正版的 但都可以用啊
特别是material stuido内面的模块比较多,象sorption模块,discover 等,可以做各种计算啊.

按这个说法，其实几乎没有什么收费软件下不到。只是有些很难找。

hyperchem自带的那个分子动力学模拟，实在不敢恭维，感觉就像玩具一样，好几年前学校里有一些老师也用hyperchem做，比如抗冻蛋白的MD研究，而且也发表了一些文章，但现在几乎没人用了......比如做一个稍微大点的蛋白，在里面连溶剂都加不上，提示体系太大了。

chem3D也带了个简单的动力学模拟，功能更弱，只能是作为一个只带量化计算接口软件在MD功能上的基本补充

还有一个discovery studio，那软件公司派人来学校做讲座，material studio给物理系的推销，discovery studio给化学系的推销，演示一些功能看似挺诱人，模块多功能全，当时感觉极好，后来和一个做MD的前辈交流了一下，他说他研究生时期用discovery studio，花了不少时间什么也没弄出来，虽然网上也能下得到，但不想去尝试了。

高斯的分子动力学模拟还没用过，谁用过请介绍一下。应该很弱吧。

DS倒是一点不弱，就是商业版的CHARMm，傻傻的非常容易上手
hyperchem和chemoffice本不是用来做分子动力学的

大家说的都有道理,做分子模拟用现存的软件做不出什么蛮好的东西. 想把分子模拟做好 当然还是要自己修改源代码来做啦.

问题是，做量子MD难道也能自己写程序吗？目前还没发现这种能人

chemoffice2008中的Chem3D Ultra课进行 分子模型及仿真，只是模拟功能不够强！
不知小弟说的是不是？管理员指教！

引用:

原帖由 houbingfeng 于 2007-10-14 10:44 发表
chemoffice2008中的Chem3D Ultra课进行 分子模型及仿真，只是模拟功能不够强！
不知小弟说的是不是？管理员指教！

:L administrator is not teacher, i am sorry.

gromacs高人在哪啊？

还是要学习基础理论

收获不少！谢谢！