用的是Gromacs，mdrun后得到md.trr轨迹文件，希望通过trjconv将mdtrr文件进行转换，只选择其中的目标分子信息，去掉水分子，manul和帮助文件中都说可以实现（还是trjconv的主要功能之一），但却没说清楚怎样转换，我试了好多次，总是没办法只选择目标分子。不知道是在命令行里指名呢，还是能跳出个选项来（像genion一样，让你选基团）？请各位指教，谢谢！

果然是加了-n index.ndx就可以选择要输出的轨迹坐标了，太感谢了！

[ 本帖最后由 ter20 于 2008-5-15 21:23 编辑 ]

R u sure? AFAK, it can't. Maybe u need further check.

Waiting for ur response.

用-n选上index文件，转换时就会出现选择列表，轨迹中保留哪些group就选哪些