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[讨论交流] namd问题求救！

本主题由 homeboy 于 2008-7-8 18:07 分类

yutian

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16楼 大中小发表于 2007-10-10 10:23 只看该作者

盒子的大小是覆盖整个体系并超出9A的范围

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17楼 大中小发表于 2007-10-10 16:34 只看该作者

观察em的轨迹，看看是否分子在em过程中超出了盒子边界

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18楼 大中小发表于 2007-10-11 11:07 只看该作者

这个问题已经解决了
去掉周期性边界条件之后就正常了
但是一般模拟都是需要设置周期性边界条件的吧?周期盒子和pme参数设置有什么规则？

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19楼 大中小发表于 2007-10-11 14:53 只看该作者

不一定，当然大多用周期边界，用pme的话grid设置在manual里已经详细讲过了

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20楼 大中小发表于 2007-10-11 14:55 只看该作者

第52页

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21楼 大中小发表于 2007-10-11 19:56 只看该作者

conf设置文件

附件是conf设置文件，请帮忙看看什么地方设置不合适

附件: 您所在的用户组无法下载或查看附件

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charmm

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22楼 大中小发表于 2007-10-11 23:21 只看该作者

你那句不是注释掉了吗 wrapall

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yutian

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23楼 大中小发表于 2007-10-12 10:08 只看该作者

实际做的时候没有
还是会出错

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charmm

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24楼 大中小发表于 2007-10-12 13:45 只看该作者

i am not sure yet

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Wally

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25楼 大中小发表于 2008-3-22 20:02 只看该作者

vdw一项是999999999999,说明有些原子不合理的接触或者重叠了，去掉周期边界就没了说明你周期盒设置不合理，
周期盒多大？系统尺度多大？
到底是什么系统？

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