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楼主
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tT
发表于 2008-5-21 10:27 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

[讨论交流] 运行amber遇到的两个问题

相关搜索: amber, 运行, tutorial, perl, process
我按照amber tutorial中的例子做，分析的时候遇到了两个问题：
(1) process_mdout.perl    ../polyAT_vac_md1_12Acut.out
出错：bash: /usr/bin/process_mdout.perl: 权限不够
不知道是怎么回事！无论怎么弄都不行
（2）两个分析程序 trajin 和 rms 里面没有，哪里可以找到阿

请各位不吝赐教！
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msfeng

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沙发
发表于 2008-5-21 11:07 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
在process_mdout.perl前加上./再试试看看，另外要保证process_mdout.perl在当前目录下并且用执行权限（可通过chmod命令修改）
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热心会员勤奋勋章
板凳
发表于 2008-5-21 14:28 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
第一个问题已经解决 非常感谢msfeng！
第二个问题还需要大家的帮助哦
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sobereva

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地板
发表于 2008-5-21 14:29 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
你理解错了，trajin和rms不是子程序，而是ptraj的输入文件中的指令
1

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世态炎凉，壮志难酬
http://hi.baidu.com/sobereva/blog
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5楼
发表于 2008-5-21 16:03 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
原来如此， 谢谢sobereva的指点  
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flyzxs

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发表于 2008-8-27 10:07 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

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不大懂，可以再说清楚一些吗？
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