分子模拟论坛 » 【AMBER】 » 运行amber遇到的两个问题

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楼主

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发表于 2008-5-21 10:27 | 只看该作者

[讨论交流] 运行amber遇到的两个问题

amber, 运行, tutorial, perl, process

我按照amber tutorial中的例子做，分析的时候遇到了两个问题：
(1) process_mdout.perl ../polyAT_vac_md1_12Acut.out
出错：bash: /usr/bin/process_mdout.perl: 权限不够
不知道是怎么回事！无论怎么弄都不行
（2）两个分析程序 trajin 和 rms 里面没有，哪里可以找到阿

请各位不吝赐教！

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沙发

发表于 2008-5-21 11:07 | 只看该作者

在process_mdout.perl前加上./再试试看看，另外要保证process_mdout.perl在当前目录下并且用执行权限（可通过chmod命令修改）

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板凳

发表于 2008-5-21 14:28 | 只看该作者

第一个问题已经解决非常感谢msfeng！

第二个问题还需要大家的帮助哦

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论坛元老

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地板

发表于 2008-5-21 14:29 | 只看该作者

你理解错了，trajin和rms不是子程序，而是ptraj的输入文件中的指令

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homeboy

世态炎凉，壮志难酬

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5楼

发表于 2008-5-21 16:03 | 只看该作者

原来如此，谢谢sobereva的指点

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6楼

发表于 2008-8-27 10:07 | 只看该作者

回复地板 sobereva 的帖子

不大懂，可以再说清楚一些吗？

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