大家用的MPICH是什么版本的？听说1.2.*系列运行gmx的时候如果nodes多了会有问题，是这样吗？
我现在遇到的情况是在xeon的双核cluster上，当node=2时，-np 2可以运行
但是node=1的时候-np 2 却不能运行
节点比较多的情况还没有尝试

我是2.0的。gmx通信量比较大，node太多可能会适得其反

楼上给我们讲一讲关于gmx并行应该注意什么问题，以及和串行有什么区别吧。我有一些问题。可能很幼稚。但还是百思不得其解。
1.双核是指两个cpu么？
2。节点(node)的定义是什么？和cpu的个数有关系么？

谢谢了:)

1、双核是指一个CPU有两个核心，多核不等于多CPU。
2、并行计算机是很多台机器连成的网络结构，node就是这个网中的节点，和CPU数量的关系不确定。一个结点可以有很多CPU。
还有，跟据我师兄的建议，gmx的最好的并行方案就是不要并行

哦。谢谢。我懂一些了。如果我现在有一个双核或四核的pc机，是不是也可以在上面串行计算？这种情况下，是串行好还是并行好呢？如果想在上面并行算，应该怎么做？一个pc机是不是只有一个节点？

[ 本帖最后由 素颜 于 2007-9-28 10:36 编辑 ]

有多核的话当然是并行好了，而且单机多核的话并行效率会很高。
mpirun的-np指的是进程数，也就是需要跑的核数，当然你一个核上跑几个进程也是可以的，速度反而会慢。
cluster里说的一个node一般指一个节点也就是一台pc，一个节点可能有很多核。

当然并行,一个pc是一个节点,一个节点下面可以有几个cpu,比如双核就是2个cpu
不并行的话双核机器的优势就体现不出来了

多核的并行非常底层，似乎干预不了
多CPU的话，为什么不试试OpenMP呢？

非常感谢大家的回答:lol

GMX的并行效率,我们还是拭目以待吧,就怕你没那么多cpu

多谢大家啊
我觉得gromacs需要并行计算吧，这个才是gromacs的优势啊
大家用的是openmpi吗？我以前用的是lammpi
版本对速度有影响吗？

你可以测试下不同的mpi，找一个你觉得最合适的最快的用，我一般用lam，intel cpu想快的话可以用icc编译

而且intel自己也有mpi

学习中！