manual中说在g_traj中Options -ekt and -ekr plot the translational and rotational kinetic energy of each group, provided velocities are present in the trajectory file.
我想比较比方说两个不同位置的苯环的旋转速度，计算出这两个苯环的旋转动能，是不是旋转动能大的就说明它的旋转速度快呢？
不知道gromacs中是不是这样衡量旋转速度的，还是有其他更好的方法？
谢谢各位！

omega这时候是个矢量，建议你只计算旋转动能即可。如果你想输出速度，可以修改源代码，让它输出acm[m]即可。

好的，谢谢老大的热心回复！

问题是旋转速度这个有用否，能量还有点道理，速度关键是没法平均啊

谢谢老大和cycle大，呵呵，跟dilutetarget大学的。。
其实我是想比较两者转速大小，方向不重要，这样的话转动能量应该就可以说明了哦。
谢谢你们！