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[经验总结] Gaussian03操作演示

本主题由 homeboy 于 2008-7-13 22:31 设置高亮

Gaussian03操作演示

一、MP2/6-31G*水平下CH4结构优化和频率分析

%chk=OPT-FREQ-CH4.chk
%mem=6MW
%nproc=1
# opt freq mp2/6-31+g TEST

OPT And FREQ on CH4

0 1
C
H                  1              B
H                  1              B              2              A
H                  1              B              3              A    2              -120.0
H                  1              B              3              A    2              120.0
Variables
B            1.07
Constants
A           109.47120255

用GaussView打开文件,提示



搜索了一下高斯用户手册,发现在Variables和Constants丢了冒号(英文半角),如果没有冒号,GaussView认为它们是元素符号,没有这种元素,导致出错。

提示:直接用G03打开文件,有没有冒号都可以正常打开和运行。

二、丙烯单点能计算——电荷分析

C:\G03W\exercise\2_01.gjf   Propene Single Point    #T RHF/6-31G(d)  

运行结果如下:

Mulliken atomic charges:
              1
     1  C   -0.388759
     2  C   -0.156384
     3  C   -0.507949
     4  H    0.170153
     5  H    0.173467
     6  H    0.184153
     7  H    0.165601
     8  H    0.179859
     9  H    0.179859
Sum of Mulliken charges=   0.00000



3号C原子的电荷<1号<2号,原因是它们连接的H原子依次减少,H原子提供给C原子的电荷依次减少;H原子都带少量的正电荷,整个分子呈电中性。

三、用GView提交G03作业
    如果你不熟悉写G03的输入文件,不妨让GView来帮忙。使用GView建立好分子结构后,点菜单栏的“Calcluate”-“Gaussian”即可进入“Gaussian Calclution Setup”界面。








  高斯计算设置界面的“Jop Type”选项可以设置计算类型,“Method”可以设置计算方法、基组、电荷与自旋多重度,“Title”可以为计算命名等。

    设置完毕后点“Submit”可以提交作业,如果你更改了设置,系统会提示你先保存.gjf文件,然后询问你是否提交该文件给高斯进行计算,点“OK”确认,高斯软件就开始运行了。




四、用GView把优化结果转化为输入文件

    对一个分子结构进行优化后,再提交给G03进行其它计算时,需要把.out或.log格式的结果文件再转化为输入文件。在GView中打开结果文件,点菜单的“File”-“Save”,保存文件时选择文件类型为"Gaussian Input File(*.gif *.com)"就可以把文件存为输入文件了。

高斯03安装目录中examples文件夹e3_01.gjf输入和计算结果分析(文中彩色字均为输入文件或输出文件内容,黑色字为注释。)

(一)输入文件分析

#T RHF/6-31G(d) Opt Test            

Ethylene Geometry Optimization

0 1
C
C 1 CC
H 1 CH 2 HCC
H 1 CH 2 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 3 180.
H 2 CH 1 HCC 4 180.
      Variables:
CC=1.31
CH=1.07
HCC=121.5

第1行:计算执行路径  以“#”开头,“T”表示打印重要的输出部分,“RHF”表示采用限制性的Hartree-Fock方法,“6-31G(d)” 是采用的基组,“Opt”表示进行几何优化,“Test”表示不计入高斯工作档案。

第2行:空行  这是高斯输入的格式要求

第3行:标题 是对计算的一个说明,对计算过程和输入输出文件名无影响

第4行:空行

第5行:电荷和自旋多重度 此处电荷为0,自旋多重度为1

第6-15行:分子说明,其中6-11行是分子坐标,12-15行是变量说明

采用G03打开该文件,显示如下:




采用Gview打开该文件,显示如下:





(二)输出文件分析

以下是版权和引用说明部分。

Entering Link 1 = d:\G03W\l1.exe PID=      1016.
  
Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003, Gaussian, Inc.
                  All Rights Reserved.
  
This is the Gaussian(R) 03 program.  It is based on the
the Gaussian(R) 98 system (copyright 1998, Gaussian, Inc.),
the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
trademark of Gaussian, Inc.
  
This software contains proprietary and confidential information,
including trade secrets, belonging to Gaussian, Inc.
  
This software is provided under written license and may be
used, copied, transmitted, or stored only in accord with that
written license.
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under DFARS:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, duplication or disclosure by the US Government is subject
to restrictions as set forth in subparagraph (c)(1)(ii) of the
Rights in Technical Data and Computer Software clause at DFARS
252.227-7013.
  
Gaussian, Inc.
Carnegie Office Park, Building 6, Pittsburgh, PA 15106 USA
  
The following legend is applicable only to US Government
contracts under FAR:
  
                    RESTRICTED RIGHTS LEGEND
  
Use, reproduction and disclosure by the US Government is subject
to restrictions as set forth in subparagraph (c) of the
Commercial Computer Software - Restricted Rights clause at FAR
52.227-19.
  
Gaussian, Inc.
Carnegie Office Park, Building 6, Pittsburgh, PA 15106 USA
  
  
---------------------------------------------------------------
Warning -- This program may not be used in any manner that
competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
assistance to any competitor of Gaussian, Inc.  The licensee
of this program is prohibited from giving any competitor of
Gaussian, Inc. access to this program.  By using this program,
the user acknowledges that Gaussian, Inc. is engaged in the
business of creating and licensing software in the field of
computational chemistry and represents and warrants to the
licensee that it is not a competitor of Gaussian, Inc. and that
it will not use this program in any manner prohibited above.
---------------------------------------------------------------
  

Cite this work as:
Gaussian 03, Revision B.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven,
K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota,
R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao,
H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross,
C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev,
A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala,
K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg,
V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain,
O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari,
J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford,
J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz,
I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham,
C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill,
B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople,
Gaussian, Inc., Pittsburgh PA, 2003.


以下是高斯版本说明。

*********************************************
Gaussian 03:  x86-Win32-G03RevB.01 3-Mar-2003
                  31-Jan-2007
*********************************************


以下是最大硬盘使用量、计算执行路径、标题和分子说明部分。
Default route:  MaxDisk=2000MB
------------------------
#T RHF/6-31G(d) Opt Test
------------------------
------------------------------
Ethylene Geometry Optimization
------------------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C
C                    1    CC
H                    1    CH       2    HCC
H                    1    CH       2    HCC      3     180.     0
H                    2    CH       1    HCC      3     180.     0
H                    2    CH       1    HCC      4     180.     0
       Variables:
  CC                    1.31                     
  CH                    1.07                     
  HCC                 121.5                  
   


下面一行是高斯使用的分隔行,用于分隔每步优化的结果。

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

下面一行说明初始化完成。

Initialization pass.

下面是初始结构参数,单位是埃(长度)和度(角度)。第1列的R表示键长,A表示键角,D表示二面角,第2列括号中的数字表示原子编号(与输入文件的编号对应),第3列是值,第4列是倒数。

                          ----------------------------
                           !    Initial Parameters    !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.31           estimate D2E/DX2                !
! R2    R(1,3)                  1.07           estimate D2E/DX2                !
! R3    R(1,4)                  1.07           estimate D2E/DX2                !
! R4    R(2,5)                  1.07           estimate D2E/DX2                !
! R5    R(2,6)                  1.07           estimate D2E/DX2                !
! A1    A(2,1,3)              121.5            estimate D2E/DX2                !
! A2    A(2,1,4)              121.5            estimate D2E/DX2                !
! A3    A(3,1,4)              117.0            estimate D2E/DX2                !
! A4    A(1,2,5)              121.5            estimate D2E/DX2                !
! A5    A(1,2,6)              121.5            estimate D2E/DX2                !
! A6    A(5,2,6)              117.0            estimate D2E/DX2                !
! D1    D(3,1,2,5)            180.0            estimate D2E/DX2                !
! D2    D(3,1,2,6)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D3    D(4,1,2,5)              0.0            estimate D2E/DX2                !
! D4    D(4,1,2,6)            180.0            estimate D2E/DX2                !
--------------------------------------------------------------------------------
Number of steps in this run=  25 maximum allowed number of steps= 100.
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad


下面采用原子之间的距离描述分子的结构。


                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    1.310000   0.000000
     3  H    1.070000   2.079849   0.000000
     4  H    1.070000   2.079849   1.824650   0.000000
     5  H    2.079849   1.070000   3.037309   2.428147   0.000000
     6  H    2.079849   1.070000   2.428147   3.037309   1.824650
                    6
     6  H    0.000000
Framework group  D2H[C2"(C.C),SG(H4)]
Deg. of freedom     3


下面采用标准坐标(将坐标原点放在分子的电荷中心上)描述分子的结构。
                        Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        0.000000    0.000000    0.655000
    2          6             0        0.000000    0.000000   -0.655000
    3          1             0        0.000000    0.912325    1.214073
    4          1             0        0.000000   -0.912325    1.214073
    5          1             0        0.000000   -0.912325   -1.214073
    6          1             0        0.000000    0.912325   -1.214073
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    150.6166325     31.1220164     25.7924956
    38 basis functions,    72 primitive gaussians,    38 cartesian basis functions
     8 alpha electrons        8 beta electrons
       nuclear repulsion energy        33.8823555137 Hartrees.
NAtoms=    6 NActive=    6 NUniq=    2 SFac= 5.66D+00 NAtFMM=   60 Big=F
Harris functional with IExCor=  205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 3.05D+03 ExpMxC= 4.57D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 1.00D-06
HarFok:  IExCor= 205 AccDes= 1.00D-06 IRadAn=         1 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000


下面是初始猜轨道的对称性。
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (AG) (B1U) (AG) (B1U) (B2U) (AG) (B3G) (B3U)
       Virtual   (B2G) (B2U) (AG) (B1U) (B3G) (B1U) (AG) (B3U)
                 (B2U) (B2G) (B1U) (AG) (B2U) (B3G) (B1U) (AG)
                 (B1U) (B3G) (B3U) (B1G) (AU) (AG) (B2U) (AG) (B1U)
                 (B2G) (B1U) (B3G) (AG) (B1U)
The electronic state of the initial guess is 1-AG.


出现下面的信息表明自洽场收敛,E(RHF)为能量值,使用Convg为自洽场收敛判据值,-V/T为维里系数,S**2为自旋平方。
              SCF Done:  E(RHF) =  -78.0315145604     A.U. after    9 cycles
             Convg  =    0.2319D-08             -V/T =  1.9998
             S**2   =   0.0000

下面是密立根布局数分析。

**********************************************************************

            Population analysis using the SCF density.

**********************************************************************

Orbital symmetries:
       Occupied  (AG) (B1U) (AG) (B1U) (B2U) (AG) (B3G) (B3U)
       Virtual   (B2G) (AG) (B2U) (B1U) (B3G) (B1U) (AG) (B2U)
                 (B3U) (AG) (B2G) (B1U) (B2U) (B3G) (AG) (B1U)
                 (B1U) (B3G) (B3U) (B1G) (AU) (AG) (B2U) (AG) (B1U)
                 (B2G) (B3G) (B1U) (AG) (B1U)
The electronic state is 1-AG.
Alpha  occ. eigenvalues --  -11.22134 -11.21947  -1.03633  -0.79020  -0.64464
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.58677  -0.50340  -0.37575
Alpha virt. eigenvalues --    0.18586   0.26741   0.29486   0.31411   0.39387
Alpha virt. eigenvalues --    0.49615   0.65878   0.77082   0.77163   0.85103
Alpha virt. eigenvalues --    0.89554   0.97283   1.11282   1.16829   1.21714
Alpha virt. eigenvalues --    1.22643   1.34882   1.50064   1.75129   1.81223
Alpha virt. eigenvalues --    2.13960   2.20518   2.34970   2.42887   2.65590
Alpha virt. eigenvalues --    2.73956   3.09167   3.09864   4.53736   4.67607
          Condensed to atoms (all electrons):


下面给出每个原子上的净电荷。

Mulliken atomic charges:
              1
     1  C   -0.352624
     2  C   -0.352624
     3  H    0.176312
     4  H    0.176312
     5  H    0.176312
     6  H    0.176312


下一行是整个分子的总电荷。

Sum of Mulliken charges=   0.00000
Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
              1
     1  C    0.000000
     2  C    0.000000
     3  H    0.000000
     4  H    0.000000
     5  H    0.000000
     6  H    0.000000
Sum of Mulliken charges=   0.00000
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=    80.7260
Charge=     0.0000 electrons
Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=     0.0000    Y=     0.0000    Z=     0.0000  Tot=     0.0000

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad


下面是第1步(Step number 1)的优化结果。

Internal  Forces:  Max     0.011072236 RMS     0.003805039
Step number   1 out of a maximum of  25
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Second derivative matrix not updated -- first step.
     Eigenvalues ---    0.03279   0.03279   0.03279   0.16000   0.16000
     Eigenvalues ---    0.16000   0.16000   0.37230   0.37230   0.37230
     Eigenvalues ---    0.37230   0.644911000.000001000.000001000.00000
Linear search not attempted -- first point.
Iteration  1 RMS(Cart)=  0.01299341 RMS(Int)=  0.00003088
Iteration  2 RMS(Cart)=  0.00003533 RMS(Int)=  0.00000000
Iteration  3 RMS(Cart)=  0.00000000 RMS(Int)=  0.00000000


下面是分子结构参数的旧值和新值。
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    R1        2.47554   0.01107   0.00000   0.01716   0.01716   2.49270
    R2        2.02201   0.00465   0.00000   0.01249   0.01249   2.03449
    R3        2.02201   0.00465   0.00000   0.01249   0.01249   2.03449
    R4        2.02201   0.00465   0.00000   0.01249   0.01249   2.03449
    R5        2.02201   0.00465   0.00000   0.01249   0.01249   2.03449
    A1        2.12058   0.00081   0.00000   0.00507   0.00507   2.12564
    A2        2.12058   0.00081   0.00000   0.00507   0.00507   2.12564
    A3        2.04204  -0.00163   0.00000  -0.01014  -0.01014   2.03190
    A4        2.12058   0.00081   0.00000   0.00507   0.00507   2.12564
    A5        2.12058   0.00081   0.00000   0.00507   0.00507   2.12564
    A6        2.04204  -0.00163   0.00000  -0.01014  -0.01014   2.03190
    D1        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159
    D2        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D3        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D4        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159


下面是收敛结果分析,第1行为力的最大值,第2行为根均方力;第3行最大位移,第4行为根均方位移。第1列为项目名称,第2列为对应的值,第3列为高斯采用的收敛判据,第4列为收敛结果判断,当每一项的第4列都为YES的时候认为收敛。
        Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.011072     0.000450     NO
RMS     Force            0.003805     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.023880     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.013007     0.001200     NO
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad


下面是对第1步优化后分子结构的描述。

                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    1.319079   0.000000
     3  H    1.076607   2.096506   0.000000
     4  H    1.076607   2.096506   1.830191   0.000000
     5  H    2.096506   1.076607   3.060861   2.453420   0.000000
     6  H    2.096506   1.076607   2.453420   3.060861   1.830191
                    6
     6  H    0.000000
Framework group  D2H[C2"(C.C),SG(H4)]
Deg. of freedom     3
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        0.000000    0.000000    0.659539
    2          6             0        0.000000    0.000000   -0.659539
    3          1             0        0.000000    0.915095    1.226710
    4          1             0        0.000000   -0.915095    1.226710
    5          1             0        0.000000   -0.915095   -1.226710
    6          1             0        0.000000    0.915095   -1.226710
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    149.7060548     30.6175574     25.4189325
    38 basis functions,    72 primitive gaussians,    38 cartesian basis functions
     8 alpha electrons        8 beta electrons
       nuclear repulsion energy        33.6519866398 Hartrees.
NAtoms=    6 NActive=    6 NUniq=    2 SFac= 5.66D+00 NAtFMM=   60 Big=F
Initial guess read from the read-write file:
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (AG) (B1U) (AG) (B1U) (B2U) (AG) (B3G) (B3U)
       Virtual   (B2G) (AG) (B2U) (B1U) (B3G) (B1U) (AG) (B2U)
                 (B3U) (AG) (B2G) (B1U) (B2U) (B3G) (AG) (B1U)
                 (B1U) (B3G) (B3U) (B1G) (AU) (AG) (B2U) (AG) (B1U)
                 (B2G) (B3G) (B1U) (AG) (B1U)
Harris functional with IExCor=  205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.61D-01 ExpMax= 3.05D+03 ExpMxC= 4.57D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 1.00D-06
HarFok:  IExCor= 205 AccDes= 1.00D-06 IRadAn=         1 IDoV=1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
SCF Done:  E(RHF) =  -78.0317108710     A.U. after    7 cycles
             Convg  =    0.6503D-08             -V/T =  2.0008
             S**2   =   0.0000


下面是第2步的优化结果。

GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Internal  Forces:  Max     0.002986854 RMS     0.000814597
Step number   2 out of a maximum of  25
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Trust test= 8.31D-01 RLast= 3.50D-02 DXMaxT set to 3.00D-01
     Eigenvalues ---    0.03279   0.03279   0.03279   0.15712   0.16000
     Eigenvalues ---    0.16000   0.16000   0.37230   0.37230   0.37230
     Eigenvalues ---    0.37767   0.752141000.000001000.000001000.00000
Quartic linear search produced a step of -0.14055.
Iteration  1 RMS(Cart)=  0.00152104 RMS(Int)=  0.00000004
Iteration  2 RMS(Cart)=  0.00000005 RMS(Int)=  0.00000000
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    R1        2.49270  -0.00299  -0.00241  -0.00148  -0.00389   2.48881
    R2        2.03449  -0.00051  -0.00175   0.00064  -0.00112   2.03337
    R3        2.03449  -0.00051  -0.00175   0.00064  -0.00112   2.03337
    R4        2.03449  -0.00051  -0.00175   0.00064  -0.00112   2.03337
    R5        2.03449  -0.00051  -0.00175   0.00064  -0.00112   2.03337
    A1        2.12564   0.00001  -0.00071   0.00080   0.00008   2.12573
    A2        2.12564   0.00001  -0.00071   0.00080   0.00008   2.12573
    A3        2.03190  -0.00003   0.00142  -0.00159  -0.00017   2.03173
    A4        2.12564   0.00001  -0.00071   0.00080   0.00008   2.12573
    A5        2.12564   0.00001  -0.00071   0.00080   0.00008   2.12573
    A6        2.03190  -0.00003   0.00142  -0.00159  -0.00017   2.03173
    D1        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159
    D2        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D3        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D4        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159
         Item               Value     Threshold  Converged?
Maximum Force            0.002987     0.000450     NO
RMS     Force            0.000815     0.000300     NO
Maximum Displacement     0.002388     0.001800     NO
RMS     Displacement     0.001521     0.001200     NO
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    1.317021   0.000000
     3  H    1.076015   2.094203   0.000000
     4  H    1.076015   2.094203   1.829089   0.000000
     5  H    2.094203   1.076015   3.058176   2.450893   0.000000
     6  H    2.094203   1.076015   2.450893   3.058176   1.829089
                    6
     6  H    0.000000
Framework group  D2H[C2"(C.C),SG(H4)]
Deg. of freedom     3
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        0.000000    0.000000    0.658510
    2          6             0        0.000000    0.000000   -0.658510
    3          1             0        0.000000    0.914545    1.225446
    4          1             0        0.000000   -0.914545    1.225446
    5          1             0        0.000000   -0.914545   -1.225446
    6          1             0        0.000000    0.914545   -1.225446
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    149.8864217     30.7013316     25.4818649
    38 basis functions,    72 primitive gaussians,    38 cartesian basis functions
     8 alpha electrons        8 beta electrons
       nuclear repulsion energy        33.6887991345 Hartrees.
NAtoms=    6 NActive=    6 NUniq=    2 SFac= 5.66D+00 NAtFMM=   60 Big=F
Initial guess read from the read-write file:
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (AG) (B1U) (AG) (B1U) (B2U) (AG) (B3G) (B3U)
       Virtual   (B2G) (AG) (B2U) (B1U) (B3G) (B1U) (AG) (B2U)
                 (B3U) (AG) (B2G) (B1U) (B2U) (B3G) (AG) (B1U)
                 (B1U) (B3G) (B3U) (B1G) (AU) (AG) (B2U) (AG) (B1U)
                 (B2G) (B3G) (B1U) (AG) (B1U)
SCF Done:  E(RHF) =  -78.0317180626     A.U. after    6 cycles
             Convg  =    0.7215D-08             -V/T =  2.0006
             S**2   =   0.0000


下面是第3步的优化结果。
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Internal  Forces:  Max     0.000083925 RMS     0.000044663
Step number   3 out of a maximum of  25
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Trust test= 1.04D+00 RLast= 4.50D-03 DXMaxT set to 3.00D-01
     Eigenvalues ---    0.03279   0.03279   0.03279   0.15404   0.16000
     Eigenvalues ---    0.16000   0.16000   0.37230   0.37230   0.37230
     Eigenvalues ---    0.37306   0.737211000.000001000.000001000.00000
Quartic linear search produced a step of  0.03419.
Iteration  1 RMS(Cart)=  0.00026871 RMS(Int)=  0.00000004
Iteration  2 RMS(Cart)=  0.00000004 RMS(Int)=  0.00000000
Variable       Old X    -DE/DX   Delta X   Delta X   Delta X     New X
                                 (Linear)    (Quad)   (Total)
    R1        2.48881  -0.00008  -0.00013  -0.00001  -0.00014   2.48867
    R2        2.03337  -0.00003  -0.00004  -0.00003  -0.00007   2.03330
    R3        2.03337  -0.00003  -0.00004  -0.00003  -0.00007   2.03330
    R4        2.03337  -0.00003  -0.00004  -0.00003  -0.00007   2.03330
    R5        2.03337  -0.00003  -0.00004  -0.00003  -0.00007   2.03330
    A1        2.12573   0.00004   0.00000   0.00028   0.00028   2.12601
    A2        2.12573   0.00004   0.00000   0.00028   0.00028   2.12601
    A3        2.03173  -0.00008  -0.00001  -0.00055  -0.00056   2.03117
    A4        2.12573   0.00004   0.00000   0.00028   0.00028   2.12601
    A5        2.12573   0.00004   0.00000   0.00028   0.00028   2.12601
    A6        2.03173  -0.00008  -0.00001  -0.00055  -0.00056   2.03117
    D1        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159
    D2        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D3        0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000
    D4        3.14159   0.00000   0.00000   0.00000   0.00000   3.14159


第3步优化收敛。
        Item              Value     Threshold  Converged?
Maximum Force              0.000084     0.000450     YES
RMS     Force                0.000045     0.000300     YES
Maximum Displacement     0.000374     0.001800     YES
RMS     Displacement         0.000269     0.001200     YES


收敛后会出现下面两行信息。
Optimization completed.
    -- Stationary point found.


给出优化后(最后一步)的坐标。
                           ----------------------------
                           !   Optimized Parameters   !
                           ! (Angstroms and Degrees)  !
--------------------------                            --------------------------
! Name  Definition              Value          Derivative Info.                !
--------------------------------------------------------------------------------
! R1    R(1,2)                  1.317          -DE/DX =   -0.0001              !
! R2    R(1,3)                  1.076          -DE/DX =    0.0                 !
! R3    R(1,4)                  1.076          -DE/DX =    0.0                 !
! R4    R(2,5)                  1.076          -DE/DX =    0.0                 !
! R5    R(2,6)                  1.076          -DE/DX =    0.0                 !
! A1    A(2,1,3)              121.7952         -DE/DX =    0.0                 !
! A2    A(2,1,4)              121.7952         -DE/DX =    0.0                 !
! A3    A(3,1,4)              116.4096         -DE/DX =   -0.0001              !
! A4    A(1,2,5)              121.7952         -DE/DX =    0.0                 !
! A5    A(1,2,6)              121.7952         -DE/DX =    0.0                 !
! A6    A(5,2,6)              116.4096         -DE/DX =   -0.0001              !
! D1    D(3,1,2,5)            180.0            -DE/DX =    0.0                 !
! D2    D(3,1,2,6)              0.0            -DE/DX =    0.0                 !
! D3    D(4,1,2,5)              0.0            -DE/DX =    0.0                 !
! D4    D(4,1,2,6)            180.0            -DE/DX =    0.0                 !
--------------------------------------------------------------------------------
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad

                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    1.317021   0.000000
     3  H    1.076015   2.094203   0.000000
     4  H    1.076015   2.094203   1.829089   0.000000
     5  H    2.094203   1.076015   3.058176   2.450893   0.000000
     6  H    2.094203   1.076015   2.450893   3.058176   1.829089
                    6
     6  H    0.000000
Framework group  D2H[C2"(C.C),SG(H4)]
Deg. of freedom     3
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic     Atomic              Coordinates (Angstroms)
Number     Number      Type              X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
    1          6             0        0.000000    0.000000    0.658510
    2          6             0        0.000000    0.000000   -0.658510
    3          1             0        0.000000    0.914545    1.225446
    4          1             0        0.000000   -0.914545    1.225446
    5          1             0        0.000000   -0.914545   -1.225446
    6          1             0        0.000000    0.914545   -1.225446
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):    149.8864217     30.7013316     25.4818649

**********************************************************************

            Population analysis using the SCF density.

**********************************************************************

Orbital symmetries:
       Occupied  (AG) (B1U) (AG) (B1U) (B2U) (AG) (B3G) (B3U)
       Virtual   (B2G) (AG) (B2U) (B1U) (B3G) (B1U) (AG) (B2U)
                 (B3U) (AG) (B2G) (B1U) (B2U) (B3G) (AG) (B1U)
                 (B1U) (B3G) (B3U) (B1G) (AU) (AG) (B2U) (AG) (B1U)
                 (B2G) (B3G) (B1U) (AG) (B1U)
The electronic state is 1-AG.
Alpha  occ. eigenvalues --  -11.22432 -11.22252  -1.03314  -0.78953  -0.64073
Alpha  occ. eigenvalues --   -0.58641  -0.50201  -0.37436
Alpha virt. eigenvalues --    0.18390   0.26676   0.29316   0.31116   0.39303
Alpha virt. eigenvalues --    0.49561   0.66184   0.76810   0.77267   0.85232
Alpha virt. eigenvalues --    0.89375   0.96625   1.11004   1.16371   1.21209
Alpha virt. eigenvalues --    1.22135   1.34403   1.48597   1.74783   1.81519
Alpha virt. eigenvalues --    2.13735   2.20075   2.33991   2.41947   2.63931
Alpha virt. eigenvalues --    2.73142   3.08462   3.08881   4.53175   4.67324


下面是优化后的密立根电荷分析。
         Condensed to atoms (all electrons):
Mulliken atomic charges:
              1
     1  C   -0.352753
     2  C   -0.352753
     3  H    0.176377
     4  H    0.176377
     5  H    0.176377
     6  H    0.176377
Sum of Mulliken charges=   0.00000
Atomic charges with hydrogens summed into heavy atoms:
              1
     1  C    0.000000
     2  C    0.000000
     3  H    0.000000
     4  H    0.000000
     5  H    0.000000
     6  H    0.000000
Sum of Mulliken charges=   0.00000
Electronic spatial extent (au):  <R**2>=    81.4194
Charge=     0.0000 electrons


下面是二极距。

Dipole moment (field-independent basis, Debye):
    X=     0.0000    Y=     0.0000    Z=     0.0000  Tot=     0.0000

Test job not archived.


下面是归档文件。
1|1|UNPC-UNK|FOpt|RHF|6-31G(d)|C2H4|PCUSER|31-Jan-2007|0||#T RHF/6-31G
(D) OPT TEST||Ethylene Geometry Optimization||0,1|C,0.,0.,-0.658510405
1|C,0.,0.,0.6585104051|H,0.9145445905,0.,-1.225446446|H,-0.9145445905,
0.,-1.225446446|H,-0.9145445905,0.,1.225446446|H,0.9145445905,0.,1.225
446446||Version=x86-Win32-G03RevB.01|State=1-AG|HF=-78.0317181|RMSD=7.
215e-009|RMSF=6.056e-005|Dipole=0.,0.,0.|PG=D02H [C2"(C1.C1),SG(H4)]||
@


下面是高斯计算完成后给出的谚语,由系统随机选定。
AND HERE I AM, FOR ALL MY LORE,
THE WRETCHED FOOL I WAS BEFORE.
CALLED MASTER OF ARTS, AND DOCTOR TO BOOT,
FOR TEN YEARS ALMOST I CONFUTE
AND UP AND DOWN, WHEREVER IT GOES
I DRAG MY STUDENTS BY THE NOSE --
AND SEE THAT FOR ALL OUR SCIENCE AND ART
WE CAN KNOW NOTHING.  IT BURNS MY HEART.

                                       -- FAUST


下面是计算消耗的CPU时间,实际时间要大于CPU时间。
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 10.0 seconds.

相关的文件信息。
File lengths (MBytes):  RWF=     12 Int=      0 D2E=      0 Chk=      7 Scr=      1

下面一行是高斯正常结束的标志。
Normal termination of Gaussian 03 at Wed Jan 31 19:30:21 2007.

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做有意义的事,就是好好发帖;好好发帖,就是做意义的事.

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受教

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不错,稍微补充下,
力的变化值小于收敛限100倍时,位移是NO也自动算作收敛,常见于势能面较缓的大分子。
如果是多核运行,实际时间小于显示的CPU时间,因为CPU时间是每个核用时的总和
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  • homeboy 讨论指数 +1 2008-5-24 22:16
世态炎凉,壮志难酬

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个人建议

楼上的内存分配:%mem=6MW
当然对于乙烯小分子够了,计算大分子时,需要适当增大,这样有利于速度的提高
疯狂学习的人

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其实楼主的帖子挺适合那些第一次接触高斯的人看, 高斯自带的例子还行,可以入门了,呵呵……
本人也正在学习中,有一个感触就是linux系统下的高斯似乎更稳定,在window下有时莫名其妙的错误,特别在计算八九十个原子的大分子的时候,里面也有过渡金属元素,反正挺烦的,本来计算一个就得很长时间,但是总是在计算一天的时间后给一个warning。移到linux下后,竟然没问题,不懂……
疯狂学习的人

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学习了

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太好了,学习中

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八错
对俺们新手来说相当不错滴

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不错,谢谢

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学习了

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