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[DMol3] 运用dmol3计算时，如何在体系中掺入离子

本主题由 fatcharm 于 2008-7-3 11:24 分类

qscao

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楼主大中小发表于 2008-5-26 15:17 只看该作者

运用dmol3计算时，如何在体系中掺入离子

请问运用dmol3计算时，如何在体系中掺入离子？如在富勒烯C60中掺如一个H+离子，
如何设计参数，越详细越好，谢谢！

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qscao

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沙发大中小发表于 2008-5-27 17:27 只看该作者

难道本论坛就没有人会？

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iamjoan0928

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板凳大中小发表于 2008-5-27 19:07 只看该作者

不好意思，我不用MS.
但是建议先在网上搜一下包括文献中可能已经有你需要离子的参数！
这样就不需要自己拟合参数啦！
good luck！

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qscao

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地板大中小发表于 2008-5-27 19:39 只看该作者

谢谢，早在网上收索了，但是没有找到相关内容！
还请各位大侠赐教

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5楼大中小发表于 2008-5-27 19:40 只看该作者

如在富勒烯C60中掺如一个H+离子，
我关键是不只读那个“+1”怎么设定

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qscao

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6楼大中小发表于 2008-5-29 19:05 只看该作者

请知情的指导一下啊，谢谢

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iamjoan0928

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7楼大中小发表于 2008-5-29 19:58 只看该作者

把这个H的charge设置为＋1吧

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8楼大中小发表于 2008-6-3 13:15 只看该作者

楼上说的有问题，不对啊

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9楼大中小发表于 2008-6-4 10:01 只看该作者

回复 8楼 qscao 的帖子

不好意思，应该有短消息给你解释过哦，我说的是GMX中的做法，在MS中确实不是这样的，那你现在知道怎么做了吗？

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10楼 大中小发表于 2008-6-4 10:44 只看该作者

引用:

原帖由 qscao 于 2008-6-3 13:15 发表
楼上说的有问题，不对啊

你尝试改charge之后出现什么问题呢？？

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11楼 大中小发表于 2008-6-4 10:45 只看该作者

你就是3群上的“心随我动”吗？

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12楼 大中小发表于 2008-6-6 17:50 只看该作者

H的charge设置为＋1, 计算结果与没有改时是一样的！
肯定不对……
愁……

[ 本帖最后由 minminchen8 于 2008-6-6 18:01 编辑 ]

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13楼 大中小发表于 2008-6-6 18:32 只看该作者

原因很简单，H原子在你的体系中是不可能存在的，力场会自动把它处理成H＋，所以不管你之前改不改charge，计算的都是H＋。
建议你检查一下输出文件，看看是不是已经处理成H＋了。

[ 本帖最后由 minminchen8 于 2008-6-6 18:37 编辑 ]

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14楼 大中小发表于 2008-6-7 10:42 只看该作者

谢谢，请问如何在输出文件中查看H已经变成H+了？

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15楼 大中小发表于 2008-6-7 10:52 只看该作者

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点击xsd文件查看H原子的properties中的Atom，看第一项charge是不是为1。优化后的所有xsd文件都可以按这种方法查看。
可参考http://www.mdbbs.org/thread-2136-1-1.html的讨论

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