Gromacs .gro file analysis tool,programmed by Sobereva,Version1.3, 2008.Oct.15
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此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，输入指定的坐标范围，要统计的原子类型和原子所属残基名称，就可以计算出总数，并将结果自动存到程序所在目录下的result.gro中，可以直接用VMD打开。所选原子的原子序号都输出到list.ndx，group名称为[selected-atoms]，可以在Gromacs一些子程序中用-n读取。
坐标范围可以是通过输入最小xyz和最大xyz限定的一个长方形盒子，也可以输入球形的中心和半径，得到一个球形范围。也可以输入圆柱的半径，X、Y坐标，柱的最下端和最上端Z轴坐标，得到一个平行于Z轴的圆柱选择范围。
1.1增加了保留完整残基功能，所有被选区域内的原子，都会保留它所在的残基的全部原子。选择此项后，所有符合条件的残基的序号都会输出到residue.txt
比如选择一个范围，有的残基一半在选择区域内，一半在选择区域外，就会导致残基被截成两半。选择保留完整残基后，处于边界的残基都会保留完整形态，即便有些原子处于选择区域之外。
再比如，选择一个区域，所选原子类型设CA，所在残基设为ALA，就会得到这个区域内所有ALA的全部原子，而不是仅仅得到ALA的CA。
1.2版加入了反转选择范围的功能，也就是选择空间范围时的第3、4项选项，这样实际所选的空间范围，就是输入的空间范围以外的范围。
例1：对程序所在目录下的new.gro提取xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax=1,4,2,3,1.5,6范围内的所有ALA残基的CA类型原子。
new.gro //输入文件名
1 //选择范围设置为盒子形状
1,4,2,3,1.5,6 //输入xmin,xmax,ymin,ymax,zmin,zmax
no //不保留完整残基，即不保留CA所在残基中的其它原子，只要CA
CA //原子类型，也可以是any，包括所有原子类型
ALA //残基类型，也可以是any，包括所有残基类型
例2：对程序下一级目录sob下的test.gro，提取z坐标值在10,44范围之外的所有原子，处于边界的分子的原子全部保留，依次输入
.\sob\test.gro
3
-99,99,-99,99,10,44 //-99及99的意思是，最小和最大值都设得很大，超过体系盒子尺寸，就等于对x、y没设限制
yes //保留完整残基
any
any
在gmx中，给膜蛋白加水总是会加到两层之间的疏水空隙中，使用例2的方法可以去除这部分水。如图，先在VMD里量一下坐标，确定保留z=10以内，z=44以外的全部原子，即包含了这个范围内的全部水的原子和磷脂分子的部分原子，由于选择了保留完整残基，所有磷脂分子也会完整保留，而在z=10至z=44范围内的水就被去掉了。
可以将grostat输出的.gro改一下名，再次读入grostat进行处理，反复多次，直到弄出合适的结果。
例3：已知某原子的坐标是5.362 4.007 2.863，提取这个原子附近1A范围内的SOL残基的原子，若有水分子一部分在范围内另一部分在范围外，只保留范围内的水的原子。依次输入
new.gro
2 //选择范围设置为球形
5.362,4.007,2.863,1 //球中心x，球中心y，球中心z，半径
no
any
SOL
更新记录：
v1.0 2008.May.18，debut
v1.01 2008.May.22，增加所选范围的原子的原子序号输出到list.ndx的功能
v1.02 2008.Jun.2，增加选择球形范围的功能，修正linux版原子数统计错误的bug
v1.1 2008.Aug.25，去除了选择边界处理方式的功能，增加了保留完整残基的功能。
v1.2 2008.Sep.1，增加了选择范围反转功能，可用于处理膜蛋白嵌入、去除膜层间水分子。修正.gro的原子数输出格式的bug，使得grostat输出的.gro可以正确读入grostat，被反复多次处理。
v1.3 2008.Oct.15，增加了圆柱范围选择功能，即范围选项的5和6（柱状反转选择）。圆柱轴线与Z轴平行，需要输入的是柱的半径，X、Y坐标，柱的最下端和最上端Z轴坐标。磷脂层的磷脂一般与Z轴平行，此功能可以把磷脂层挖出一个圆洞，以便放入膜蛋白。
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本帖最后由 sobereva 于 2008-10-15 04:10 编辑 ]
