分子模拟论坛 » 【GROMACS】 » 提取.gro文件指定原子的小程序grostat 1.3 (updated 08/10/15)

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[原创资源] 提取.gro文件指定原子的小程序grostat 1.3 (updated 08/10/15)

本主题由 homeboy 于 2008-7-1 14:10 提升

shihanlei

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16楼 大中小发表于 2008-6-16 15:01 只看该作者

不得不服啊,你真是我的偶像

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shabeir

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gromacs namd fortran

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17楼 大中小发表于 2008-6-21 09:03 只看该作者

谢谢

辛苦

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xuefei06

On-the-fly

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18楼 大中小发表于 2008-7-1 17:23 只看该作者

好东东，谢谢

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wjy2003

一休

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gaussian ms gromacs

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19楼 大中小发表于 2008-7-1 22:15 只看该作者

偶还没有领会，神作之好

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zhlrui

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20楼 大中小发表于 2008-7-2 11:24 只看该作者

佩服，佩服，實在是佩服啊！向樓主學習！

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happyboy

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21楼 大中小发表于 2008-8-19 21:27 只看该作者

厉害！顶一个

Materials Studio， Gromacs，Gaussion， Lammps，Hyperchem

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默昭文

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22楼 大中小发表于 2008-8-21 22:24 只看该作者

真不知道说什么啦，太厉害啊！崇拜呀！

努力，加油

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suny2005

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23楼 大中小发表于 2008-9-1 10:40 只看该作者

Sobereva，我有一个体系，其中组成的分子是由阴阳离子组成的。你的这个小软件可以提取这个分子中的阳离子或阴离子将其作为一个整体部分，而进行RDF分析吗？刚开始学习gromacs，好多命令都不会，用请多指教！

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素颜

beibei

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24楼 大中小发表于 2008-9-1 15:28 只看该作者

很是佩服楼主的才华和无私奉献的精神！！真棒！！

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sobereva

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25楼 大中小发表于 2008-9-1 16:14 只看该作者

回复 23楼 suny2005 的帖子

可以，比如阳离子名字都是NA+，NA+和CL-处于同一个分子，文件是a.gro
依次输入
a.gro
1
-99,99,-99,99,-99,99
no
NA+
any
得到的list.ndx内容就是整个体系中所有的NA+的序号，同样处理CL-，序号都拷进同一个.ndx定义为两个不同的组，就可以用g_rdf分析了

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