各位朋友
    我是刚开始接触MS，做离子水化的MD模拟。现在想利用周期性边界条件在一个盒子中添加一个金属离子和255个水分子，不知道如何添加，向各位朋友求助。还有，是关于势能的问题。文献中报道水分子采用SPCE模型，在MS的力场中有这个模型吗？如果有，在模拟的过程中如何使用，请大家帮忙，谢谢啦。

“盒子中添加一个金属离子和255个水分子”很简单，直接画出金属离子对应的原子（原子计算是会自动默认为离子）和一个水分子，用Amorphous cell建个包含一个金属离子和255个水分子的盒子就行了；
水的计算用compass、amber力场一般都很准，但是它们的水模型都不是spce，如果确实要用spce，可以修改amber力场，但是compass力场是加密的，不能进行修改。

问敏敏一个问题哦，用Amorphous cell建的水的box，其中的各个水分子的键长键角是否一致？
另外：MS是否可以键任意键长和键角的水分子（键长键角精确到几位由用户控制）这样可以吗？
呵呵，两个问题了

嗯，键长键角肯定是一致；
至于第二个问题，现在的MS版本还做不到，灵笑师兄说insightII 和cerus2可以改变键长键角。
MS4.3增加了力场编辑模块，可以通过力场编辑修改键长键角。

谢谢哦，呵呵，有个论坛就是好，嘿嘿

听创腾搞培训的人说过现在的4.2版本也是可以改的，但是在记事本上改过后得重新编译，灵笑师兄说他看见有人用cygwin做过成功的，不过终究都是比较麻烦的啦！你还不如用insightII 和cerus2，或者等等MS4.3.

引用:

原帖由 minminchen8 于 2008-5-30 11:28 发表
“盒子中添加一个金属离子和255个水分子”很简单，直接画出金属离子对应的原子（原子计算是会自动默认为离子）和一个水分子，用Amorphous cell建个包含一个金属离子和255个水分子的盒子就行了；
水的计算用compass、 ...

“直接画出金属离子对应的原子（原子计算是会自动默认为离子）”－－MS中是这样的啊？？？？

谢谢大家的回复，小弟初来乍到，遇到这么多热心的朋友的帮助，很是感动啊，谢谢谢谢！！

“直接画出金属离子对应的原子（原子计算是会自动默认为离子）”－同问
感觉有点没道理
和初始就设为离子是有区别的吧，

这是力场的处理问题，也就是说力场会自动地把原子处理成离子（我这种说法是针对水体系的哦，不是说晶包也这样处理呀，这是of course不成立的！！）
不信你可以建个1个Ca原子和255个水分子的体系，然后mininze一下，点击xsd文件查看ca原子的properties中的Atom，它的forcefield type为Ca+2；charge为2。
这里要强调的是，力场只会将原子处理成常见的离子类型，如果出现多价态离子，力场处理得到的离子不一定是我们要的那种价态，这时候可以在画完金属原子后，在properties－>atom中改charge，但是有可能你的力场里没有这种价态的离子，这个我不太清楚，没做过，但是如果有这种情况，可能就要换力场咯……

[ 本帖最后由 minminchen8 于 2008-5-31 18:58 编辑 ]

说的很有道理，其实MD模拟是基于力场的，如果力场没有参数，就无法进行计算。具体力场有什么样的参数，可以查看力场的原始文件（发表的paper）或一些书籍；一般力场函数的定义是基于原子或者原子团的，所以在Amorphous cell构建的无定形水的盒子，优化后得到的水分子的键长键角应该是一样的，即使你人为改变键长键角，在某力场中(如compass)优化后，得到的结果也应为一样，所以我对在insightII 和cerus2中可以得到优化后不同键长键角的水分子表示怀疑！但不代表不可以这么做，一种方法如上面所说的自定义力场参数，把你需要的特殊的水的力场参数添加到力场中，这样就可以实现；或者固定键长键角，让它在优化时无法改变，这或许是一个危险的方法，慎用！

呵呵，我不懂insightII 和cerus2，不过确实有文献用它们改变键长键角来做相关研究，如研究键长键角对高分子聚合物的链柔性的影响等等。。。

如果是这种情况，我个人怀疑采用的是固定键长键角的方法。毕竟在一套力场参数中，水分子的参数都是一样的；如果有几种水分子的参数，就需要人为来指定，否则机器无法加以判定和识别。

[ 本帖最后由 skyflyzw 于 2008-6-4 21:55 编辑 ]

insightII 和cerus2有力场编辑功能，可以通过在力场中改变键长键角平衡值来实现。
另外在同一套力场中，水分子的参数不一定是一样的吧，比如drieding 力场中，氧原子就定义了 四种类型 O_3   ，O_R  ，O_2   ，O_1    。我想相应的水应该可以做不同处理，如体系中的结合水和自由水就应该作不同的处理。以上纯属个人看法。