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[经验总结] Autodock软件使用扫盲贴

本主题由 homeboy 于 2008-6-3 21:26 解除精华

captain

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楼主大中小发表于 2008-6-3 20:12 只看该作者

Autodock软件使用扫盲贴

Autodock是由Scripps研究所Olson小组开发的分子对接软件包，应该说在免费的对接计算软件里是最流行的，主要用于研究蛋白质-配体之间的相互作用。最新版本为Autodock4.0。4.0以前的版本只考虑配体的柔性，对受体按刚性处理；4.0版本考虑了受体部分氨基酸侧链的柔性。
本人使用这个软件有一段时间了，只想在这里跟大家分享一点最基本东西，至于对接的流程请参考它网站上的manual。
使用这个软件主要用到两个程序包，一个是Autodocktools，这个软件包主要用于前期文件的处理和准备。比如蛋白质pdb文件的编辑，对于3.0版本大分子（蛋白质）的pdbqs、小分子（配体）的pdbq、格点文件gpf、对接文件dpf,对于4.0版本大分子柔性部分的pdbqt和刚性部分的pdbqt、小分子的pdbqt、格点文件gpf、对接文件dpf。这个软件适用于很多的操作系统，包括win系统。而且最近的版本3.0和4.0的文件准备都可以兼容。
另外一个就是Autodock主程序，主要就是autogrid和autodock这两个程序，分别产生格点计算得到的glg文件及map文件和最后的对接结果dlg文件。这两个程序在win下是不能运行的，要在其它系统比如Linux下运行，并且官方的版本是不能并行的。
这两个程序都可以在autodock的官方网页免费下载，并且它的说明书也是非常明白易懂的，大家只要认真阅读就可以很好地掌握这款软件。现在将autodocktools3和4的说明书上传,供大家参考.

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homeboy 金币 +10 2008-6-3 21:32
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管理团队书籍分享

沙发大中小发表于 2008-6-3 21:34 只看该作者

谢谢楼主分享，期待楼主的下篇好文

为避免资源重复，发贴前请先搜素论坛，注意选择标题或者全文搜索
请多发好贴，多参加讨论交流
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captain

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板凳大中小发表于 2008-6-4 08:44 只看该作者

呵呵我会再接再励的

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地板大中小发表于 2008-6-4 09:19 只看该作者

谢谢楼主，我要努力学习。

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anquren

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5楼大中小发表于 2008-6-7 21:13 只看该作者

谢谢楼主

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xufund

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6楼大中小发表于 2008-7-4 06:32 只看该作者

xie xie!
waiting for next

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7楼大中小发表于 2008-7-6 19:10 只看该作者

THANKS!
VERY HELPFUL

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msfm

今天你simulation了没有，肥波？ ...

版主

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8楼大中小发表于 2008-7-8 17:58 只看该作者

Autodock 玩小分子不错，
大分子对接

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9楼大中小发表于 2008-7-11 20:00 只看该作者

谢谢楼主分享，期待继续

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huzengjian

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10楼 大中小发表于 2008-7-12 02:24 只看该作者

补充修正一下：

Autodock主程序，即autogrid和autodock在Window下是能够直接运行的，而且要比在SGI工作站上快得多。

在目前常用的分子对接软件包中，Autodock应是比较优秀的啦。

引用:

原帖由 captain 于 2008-6-3 20:12 发表
Autodock是由Scripps研究所Olson小组开发的分子对接软件包，应该说在免费的对接计算软件里是最流行的，主要用于研究蛋白质-配体之间的相互作用。最新版本为Autodock4.0。4.0以前的版本只考虑配体的柔性，对受体按刚性 ...

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11楼 大中小发表于 2008-7-12 11:06 只看该作者

哦我看了一下现在的新版本的ADT好象可以直接运行了我还没有试
老版本的ADT是不可以直接运行的

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wangjjudy

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12楼 大中小发表于 2008-7-15 11:21 只看该作者

我想看看
可是看不见
谢谢了

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wangjjudy

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13楼 大中小发表于 2008-7-15 11:21 只看该作者

感谢楼主能够分享这么好的东西

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homeboy 金币 +1 建议先报到哦 2008-7-15 15:40

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gudaoxifeng

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14楼 大中小发表于 2008-8-2 08:28 只看该作者

Autodock4.0不是有window系统版本吗？

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captain

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15楼 大中小发表于 2008-8-2 09:52 只看该作者

你说的是ADTools 当然新版本的ADTools可以在win下运行autogrid和autodock程序

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Autodock软件使用扫盲贴

引用:

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