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[分子动力学] 如何补充pdb文件里缺失的重原子

tecpenguin

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楼主大中小发表于 2008-6-4 20:37 只看该作者

如何补充pdb文件里缺失的重原子

从PDB数据库里下载的pdb文件，由于是从X射线衍射得到的，因此会有一些原子丢掉，
大家是用什么软件加上这么原子。

我用ambertools加上这些原子的时候会同时加上H原子。

有用sybyl的吗, 或者其它更好的办法？

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iamjoan0928

Sunny

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沙发大中小发表于 2008-6-4 21:42 只看该作者

用gaussview打开pdb文件，可以添上你要的原子

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minminchen8 讨论指数 +1 thanks 2008-6-4 21:46

阳光总在风雨后！

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cycle

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板凳大中小发表于 2008-6-4 22:28 只看该作者

这个应该很简单，很多软件可以做，比如pdbviewer，关键问题是缺失的原子有多少？

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minminchen8 讨论指数 +1 谢谢cycle！ 2008-6-4 22:49

做有意义的事,就是好好发帖;好好发帖,就是做意义的事.

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sobereva

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地板大中小发表于 2008-6-4 23:03 只看该作者

从leap保存出来的加了重原子的pdb去掉氢很好办

可以pdb2gmx加-ignh读进去，然后再转成pdb
可以用VMD打开，把representations里的selected atom设成all not hydrogen，然后save coordinate里的selected atom也选all not hydrogen，存为新的pdb即可
如果缺的原子很少，可以把新加的重原子直接手动复制到原来的pdb

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homeboy 讨论指数 +2 2008-6-5 00:57

世态炎凉，壮志难酬

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test

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5楼大中小发表于 2008-6-5 14:41 只看该作者

引用:

原帖由 sobereva 于 2008-6-4 23:03 发表
从leap保存出来的加了重原子的pdb去掉氢很好办

可以pdb2gmx加-ignh读进去，然后再转成pdb
可以用VMD打开，把representations里的selected atom设成all not hydrogen，然后save coordinate里的selected atom也选a ...

感谢sobereva的评论