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[分子动力学] 请教将轨迹文件导入VMD中遇到的问题

本主题由 homeboy 于 2008-7-13 21:17 解除高亮

hdh912

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楼主大中小发表于 2008-6-5 21:43 只看该作者

请教将轨迹文件导入VMD中遇到的问题

我将MS做动力学后的轨迹添加到VMD中，老是不成功，显示 unable to load molecue。是需要对轨迹文件进行处理后才可以用吗？万分谢谢，

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jsbach

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沙发大中小发表于 2008-6-6 09:46 只看该作者

首先确认不在含中文路径下~~？

明天gre，狂抖...............

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板凳大中小发表于 2008-6-6 10:20 只看该作者

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一般是不需要处理的
你先导入的psf文件正确么?

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地板大中小发表于 2008-6-6 23:30 只看该作者

谢谢两位朋友，不过我的文件是在英文下，我采用的是Material-Studio 软件跑动力学，然后有一个 Trajectory.trj的文件，但是导入还是不成功。

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5楼大中小发表于 2008-6-7 09:54 只看该作者

是不是不兼容MS的轨迹文件啊

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6楼大中小发表于 2008-6-8 08:54 只看该作者

谢谢楼上的，我也不太清楚呢郁闷

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hookah

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7楼大中小发表于 2008-6-8 11:15 只看该作者

问题应该是出在VMD不识别你的trj文件，我建议你export为xyz文件格式，或者是VMD可以识别的文件格式！MS的输出格式和VMD可识别格式是很容易查到的！VMD还是使用import数据的好！
再有你还可以试一下gopenmol！

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minminchen8 讨论指数 +1 thank you！！ 2008-6-8 11:35

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8楼大中小发表于 2008-6-9 22:53 只看该作者

谢谢兄弟，的确实不能识别，hookah 兄弟能否说得详细点怎么export为xyz文件格式，另外“VMD还是使用import数据的好！再有你还可以试一下gopenmol！”这句话能否指点下。谢谢不胜感激。

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hdh912

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9楼大中小发表于 2008-6-16 23:44 只看该作者

怎么没有朋友回答呢谢谢

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yiming1030

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gromacs

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10楼 大中小发表于 2008-9-25 10:00 只看该作者

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你试试转为其他格式看看能不能在vmd中看了

[ 本帖最后由 yiming1030 于 2008-9-25 10:02 编辑 ]

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minminchen8 讨论指数 +1 Thanks for suggestion 2008-9-25 12:28

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