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分子模拟-陈正隆.pdf
最近陈正隆的《分子模拟的理论与实践》已经由化学工业出版社出版，352页，目录如下。注意我发的这个不是这本书，但是是同一作者，内容有相似之处。
目录：
第1章分子模拟的概况
参考文献5
第2章力场
2.1力场简述6
2.2力场作用项的一般式9
2.3常见的力场13
2.3.1MM形态力场13
2.3.2AMBER力场14
2.3.3CHARMM力场14
2.3.4CVFF力场15
2.3.5第二代力场16
2.4涵盖周期表元素的力场17
2.5特殊的力场18
参考文献21
第3章能量最小化
3.1势能图与势能面24
3.2函数的极小值26
3.3利用导数求极小值的方法28
3.4一次导数求极值法29
3.4.1最速下降法 30
3.4.2共轭梯度法32
3.5二次导数求极值法33
3.5.1牛顿拉森法33
3.5.2近似牛顿拉森法34
3.5.3对角线块状牛顿拉森法35
3.6求分子最低能量构象方法的选择35
3.7能量最小化的应用36
3.8多原子分子振动频率的计算37
3.9以能量最小化方法预测团簇体的大小42
参考文献48
第4章分子力学的应用
4.1分子结构与势能面49
4.2势能面的最小值点、最大值点、鞍点51
4.3势能面与化学反应52
4.3.1过渡态结构与反应路径52
4.3.2鞍点与二次区域54
4.3.3决定鞍点的方法56
4.4分子力学计算的热力学性质58
4.4.1构象能58
4.4.2分子的生成焓58
4.4.3反应热与生成焓61
4.5晶体结构的计算62
4.6立体效应64
参考文献65
第5章分子动力模拟计算的原理
5.1分子动力计算的基本原理67
5.2牛顿运动方程式的数值解法69
5.3周期性边界条件与最近镜像72
5.4积分步程的选取75
5.5简化单位76
5.6分子动力计算流程77
5.7分子动力计算的初始设定79
5.8定温计算法81
5.9系统形状的改变计算83
5.10各种系综的分子动力计算方法84
参考文献88
第6章特殊形态的分子动力计算
6.1刚性线形分子的计算90
6.2刚性非线形分子的计算92
6.3键长限制法95
6.4限制键长与键角的计算97
6.5聚合物的限制动力计算99
参考文献103
第7章分子动力计算的应用
7.1运动轨迹分析104
7.2热力学特性的计算107
7.3径向分布函数110
7.4与时间相关物理量的计算112
7.4.1均方位移112
7.4.2相关函数113
7.5自由能的计算121
7.5.1自由能的变化121
7.5.2微扰计算123
7.5.3耦合系数124
7.5.4热力积分方法125
7.5.5缓慢成长法127
7.6相对自由能的变化128
7.7构型自由能129
参考文献132
第8章分子动力计算的应用实例
8.1水分子系统的计算133
8.1.1简单的水分子的力场133
8.1.2ab initio水分子力场136
8.1.3水分子自由能的计算137
8.2正戊烷构象的研究139
8.3链状分子的计算142
8.4链状双性体的分子动力计算144
8.5聚合物的特殊运动147
参考文献151
第9章长程作用力的计算
9.1中央多极展开法152
9.2Ewald求和法156
9.3作用场与镜像电荷计算法159
9.4非键结作用项的格胞多极计算方法161
9.5溶剂介电质模型164
参考文献166
第10章蒙地卡罗计算方法
10.1基本原理167
10.2重要取样法170
10.3Metropolis计算法174
10.4各类系综的蒙地卡罗计算176
10.4.1定温定压系综176
10.4.2巨正则系综177
10.5进阶蒙地卡罗计算法179
10.5.1优先取样蒙地卡罗计算法180
10.5.2力场导向蒙地卡罗计算法181
10.5.3明智的蒙地卡罗计算法182
参考文献183
第11章蒙地卡罗计算的应用
11.1压力与自由能的变化185
11.2分子液体187
11.3聚合物晶格模式计算188
11.3.1晶格模式188
11.3.2晶格模式计算的执行步骤188
11.3.3研究聚合物的物理量190
11.3.4MC计算的结果192
11.4改良型晶格计算193
11.5蛇形滑动模式194
11.6聚合物的改进计算模式197
11.6.1球与棒模式197
11.6.2球与弹簧模式199
11.7随机搜寻最佳结构方法200
参考文献202
第12章蒙地卡罗计算的实例
12.1液晶的蒙地卡罗计算203
12.2两相并存系统的蒙地卡罗计算208
12.3沸石等温吸附线的计算212
12.4蛋白质的折叠217
参考文献220
第13章布朗动力计算方法
13.1布朗粒子运动力学221
13.2布朗动力计算223
13.3布朗动力计算的技巧226
13.4流动效应227
13.5布朗动力计算在生化系统的应用228
13.6布朗动力计算在高分子溶液的应用231
13.7分子动力计算与布朗动力计算的比较233
13.8朗之万方程式的一般解237
参考文献238
第14章耗散粒子动力计算法
14.1耗散粒子动力计算240
14.2离子型表面活性剂胶束的计算242
14.3非离子型表面活性剂的相变化研究246
14.4脂质分子的相行为计算249
14.5纳米尺寸金粒子的DPD模拟252
参考文献255
第15章溶解自由能
15.1Born与Onsager模型256
15.2连续模型258
15.3朗之万偶极矩模型261
15.4泊松玻耳兹曼方程式262
参考文献266
第16章生化分子系统的模拟
16.1生化分子的结构267
16.2生化分子体系间的亲水性与疏水性275
16.3蛋白质分子折叠的模拟276
16.4细胞膜的融合模拟279
16.5疏水基团的堆积284
参考文献287
第17章分子模拟与药物设计
17.1小分子的定量构效关系288
17.1.1传统的构效关系288
17.1.2三维定量构效关系289
17.1.3构效关系的数学基础291
17.2药效团模型297
17.2.1药效团模型的建立298
17.2.2药效团识别的软件299
17.3分子对接计算300
17.3.1FlexX300
17.3.2LigandFit301
17.3.3Autodock 3.05302
17.3.4DOCK 5.2303
17.3.5分子对接计算的注意点303
17.4数据库搜索305
17.5从头设计306
17.6计算实例307
17.6.13DQSAR研究实例307
17.6.2对接计算和分子设计实例309
参考文献316
附录A经典运动力学
A1牛顿运动力学317
A2拉格朗日运动力学319
A3哈密顿运动力学322
附录B统计力学
B1基本统计原理324
B2系综326
B3配分函数326
B4统计涨落328
B5统计力学与模拟计算的关系329
B6统计力学与量子力学的关系330
B7经典力学与统计力学的关系331
参考文献332
附录C天然存在的氨基酸的结构索引
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本帖最后由 sobereva 于 2008-10-9 22:15 编辑 ]
