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[使用心得] LAMMPS 单机并行安装

LAMMPS 单机并行安装

centos 5.1 版,rsh并行通信【2路4核测试通过】

1.安装rsh,rsh-server,软件包
2.编辑/etc/hosts.equiv 文件,在其中加入本机主机名(hostname,可以查看主机名),单独
一行,如果文件不存在则建立这个文件
3.开启rsh.rexec.rlogin服务:/sbin/chkconfig rsh on 或者/etc/xinetd.d/rsh等文件,
把disable = Yes改成No,然后重启xinetd服务[/etc/init.d/xinetd restart]
4.删除或修改/etc/profile.d文件夹下的krsh5.sh相关的文件的名称,使rsh4服务失效。
5.重新登陆,以普通用户 测试rsh的配置: rsh 主机名 /bin/hostname
6.配置mpi, 执行命令 ./configure -prefix=/usr/local/mpi  make  make install
  分别把/usr/local/mpi/bin -man加入环境变量  只需在目录/etc/profile.d 中创建两
个文件mpich.sh 和mpich.csh, 它们分别对Bourne shell和C shell 起作用, 这两个文件
的内容如下:
– /etc/profile.d/mpich.sh :
#!/bin/bash
export MANPATH=${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
export PATH=${PATH}:/usr/local/mpi/bin
– /etc/profile.d/mpich.csh :
#!/bin/csh
if ( $?MANPATH == 0 ) then
setenv MANPATH :/usr/local/mpi/man
else
setenv MANPATH ${MANPATH}:/usr/local/mpi/man
endif
setenv PATH ${PATH}:/usr/local/mpi/bin
7.修改 /usr/local/mpi/share/machines.LINUX hostname:number of cpu
8.按照肥超的方法编译安装fftw,和LAMMPS
9.mpirun 测试,如果没有安装好会给出找不到mpirun命令【路径问题】活着ch_p4通信失败等错误

[ 本帖最后由 fatcharm 于 2008-6-29 18:53 编辑 ]

【生活就要耐住寂寞,面对现实微笑,越过障碍注视未来】
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            我为人人,人人为我 多ONE朋友,多N智慧
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偶已经实现单机多核并行计算,安装方法可能和搂住略有不同,但原理大同小异。
可惜计算效率大约90%左右,不是很理想

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可能是MPI编译设置问题

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普通用户测试rsh出现错误:

在不 想请教个问题~
LAMMPS 单机并行安装centos 5.1 版,rsh并行通信
1.安装rsh,rsh-server,软件包
2.编辑/etc/hosts.equiv 文件,在其中加入本机主机名(hostname,可以查看主机名),单独
一行,如果文件不存在则建立这个文件
3.开启rsh.rexec.rlogin服务:/sbin kconfig rsh on 或者/etc etd.d/rsh等文件,
把disable = Yes改成No,然后重启xinetd服务[/etc/init.d etd restart]
4.删除或修改/etc/profile.d文件夹下的krsh5.sh相关的文件的名称,使rsh4服务失效。
5.重新登陆,以普通用户 测试rsh的配置: rsh 主机名 /bin/hostname

出现错误:普通用户测试rsh
命令:rsh localhost.localdomain /bin/hostname

错误提示:connect to address 127.0.0.1 port 544: Connection refused
Trying krb4 rsh...
connect to address 127.0.0.1 port 544: Connection refused
trying normal rsh (/usr/bin/rsh)
localhost.localdomain

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说明你上面的步鄹做的不对,呵呵,确认你第一步做了么?
【生活就要耐住寂寞,面对现实微笑,越过障碍注视未来】
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以前编译成功过 想重新编译一次
普通用户的缘故
现在已经好了
谢谢

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支持大家做。

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