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[问题讨论] 有用LAMMPS做DPD模拟的么?

有用LAMMPS做DPD模拟的么?

不知道有没有人用LAMMPS的 pair_style dpd command  热浴模拟介观系统,比如细胞膜,纳米粒子等等,目前DPD动力学,虽然有人发展了把电荷引入模拟体系的方法,但是好像并没有用DPD去研究带电的体系的paper,不知道什么原因。

DPD带电后,要把电荷看成在DPD粒子上的分布,而不能像硬球粒子一样看成是点电荷,所以lammps上是无法模拟带电的DPD粒子的,不知道有没有人自己写过带电的DPD程序扩展LAMMPS,分享一下!

[ 本帖最后由 fatcharm 于 2008-6-29 18:50 编辑 ]
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可以加电场啊,就是加力嘛,怎么会不可以,只不过做的就是非平衡问题了
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引用:
原帖由 mikejwg 于 2008-6-17 10:04 发表
分子动力学是否无法施加电场?是否一定要第一性原理计算。
Gromacs可以加电荷,但电场是否没有办法施加?
可以施加电场呀,http://lammps.sandia.gov/doc/fix_efield.html impose electric field on system
苦心中常得悦心之趣;
得意时便生失意之悲。

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当然,shear flow问题
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由Hoogerbrugge 和Koelman提出的耗散粒子动力学(Dissipative Particle Dynamics,DPD)方法可以用来模拟复杂流体的动力学现象。它的基本思想就是用一个“珠子”代替分子中的部分基团或者流体中的一团物质,而珠子自由运动速度和位置符合牛顿运动方程。体系的微观性质即原子模拟所关注的对象的贡献可通过积分求和得到。因此,它能够在更长的时间尺度和更大的空间尺度上对复杂体系进行模拟,同时在粗粒化过程中系统内在的性质却没有改变。1995年,Espaňol 和Warren 提出所有珠子同时受到守恒力、耗散力和随机力三种力的作用,其中守恒力描述了弹性球体间的排斥力;耗散力描述了运动珠子之间的粘滞阻力;随机力的引入是为了保持模拟体系温度的恒定。三种力的引入使DPD方法能够很好地在正则系综(NVT恒定)进行模拟计算。

看样DPD的出现时间不长啊,对电的引入还有时间
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