需要在系统上预先装有mpich和fftw的开发库，而且fftw还要求不是最新的3.x版，而是2.x。

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代码:

apt-get install fftw2 libmpich1.0-dev gfortran

下载并解压缩源文件包以后，进入解压后路径下的src/目录，只要简单的“make debian”就可以得到可执行文件(lmp_debian)

得到lmp_debian之后，就可以运行那些例子了。但是你并没有得到lammps所支持的所有功能。lammps支持package，有系统自带的也有用户自行开发的。默认只编译"kspace", "manybody", 和"molecule"三个系统自带的包。其他还有一些“ asphere class2 colloid dipole dpd granular meam opt poems xtc”包没有编译进可执行程序，也就是说你不能使用那些额外功能。 如果需要全部编译。这可以通过先“make yes-all”然后“make clean”,"make debian"来完成。

稍微有一点麻烦的是，有两个包“meam”和“poems”是第三方开发的独立程序，源代码并没有在src目录下。你需要到../lib/中才可以看见它们的目录，需要分别编译。

先说poems，应该用用于刚体模拟的，进入lib/poems/后，直接“make Makefile.g++”
再说编译meam，这个meam是fortran写的，前面由于已经安装了gfortran，作者也给了Makefile.gfortran,所以只要“make Makefile.gfortran”即可得到libmeam.a了

到这里，我们准备好了所有的lammps附属包，可以重新编译最终的可执行文件了。为了能让编译器找到需要库和头文件，我们还需手工修改一下makefile。我这里就是修改src/MAKE/Makefile.debian。要改这三行：
CCFLAGS = -g -O -I/usr/lib/mpich/include/ -DFFT_FFTW -DLAMMPS_GZIP -I/lammps全路径/lib/poems/ -I/lammps全路径/lib/meam/
LINKFLAGS = -g -O -L/lammps全路径/lib/poems/ -L/lammps路径/lib/meam/
USRLIB = -lfftw -lmpich -lpoems -lmeam -lgfortran -lgfortranbegin
注意加粗的地方是要添加的。大致的意思就是告诉编译器哪里有额外的库文件，头文件。

欢迎大家拍砖。

[ 本帖最后由 redream 于 2008-6-22 21:22 编辑 ]

正要在ubuntu上编译，非常感谢

是啊，都是参照你们写的编译成功的，这个帖子本可有可无，可我还是写出来了，只为添砖加瓦，仅此而已！

呵呵，无论大小贡献，都欢迎

看了楼主的帖子，我也说一点我编译的一些情况。
楼主的机器里可能只装了gnu的编译器，而我的机器里同时装了ifort，pgi和gnu的，
如果就按照楼主的方法是没有办法编译成功的，
总是找不到lpoems和lmeam，
因为lib中默认的编译工具和我编译lammps所采用的编译工具不一定一致，
所以找不到接口，
需要做一些修改。
以采用g++编译并行环境为例，
我的做法是采用和楼主相同的方法执行一次，
然后进入lammps/lib/poems中，
删除所有.o，.a，.mod文件，
然后cp Makefile.g++ Makefile
覆盖掉原来的Makefile，
在这个目录里执行一遍make，
生成libpoems.a
然后ln -s /opt/lammps/lib/poems/libpoems.a /usr/bin/libpoems.a
同法处理meam的lib，
然后再回到/opt/lammps/src中执行make g++就可以了。

我认为做MD模拟，如果不需要安装的包就不要添加进去，只选择你需要的模块，这样编译出来的程序的运行效率要高些。一孔之见。

我按照楼上的两种方法试了一下，结果是都没有安上。

楼上用的编译器是？
操作系统是？
MPI是？
遇到的错误是什么？
就计算软件的安装问题我曾在Everest社区问过（我用的是Everest Linux），
他们认为有些软件无法编译可能是tool chain的问题，
有些版本的Linux和软件开发者使用的Linux版本的tool chain定义差别较大，
那么就无法成功安装了。
还有就是编译器和系统的配合问题，
兼容性最好的可能是Ifc9.1和icc9.1，
只有一些软件的部分功能不正常，
其它的编译器（包括ifc10等）基本上都发生过某些软件(比如GULP，VASP)根本无法编译或编译后计算结果完全不正确的现象。
还有就是MPI，
如果使用OPENMPI，
Lammps是无法安装上的，
也不能采用HP-MPI，
但是采用MPICH1.23和MPICH2是正常的。
另外注意，
你所使用的编译器和编译安装MPI时的应当是一致的。

[ 本帖最后由 realasking 于 2008-7-30 19:02 编辑 ]

不一定是这样的，呵呵。
主要还是看程序结构的设计和算法。
如果程序是面向对象的方法设计的，
而且各种功能分解得比较彻底，
那么模拟中对性能的影响也不是很大的。

我好像没有用这个方法也安装上了lammps，我用的是ubutun8.04，vm虚拟机装的，make成功了，但还不会运行in.文件