需要文件：
1、gromacs-3.3.3.tar.gz
2、fftw-3.1.2.tar.gz
3 RasMol_2.7.4.2.tar.gz
首先安装fftw-3.1.2.tar.gz
tar -xzvf fftw-3.1.2.tar.gz
./configure --enable-float
make
make install
第二步安装RasMol_2.7.4.2.tar.gz
tar -xzvf RasMol_2.7.4.2.tar.gz
./configure
make
make install
运行RasMol试一下，如果出现
不能运行rasmol
则把解压目录下的文件rasmol拷贝到/usr/local/bin下
然后再执行rasmol试一下
第三步：安装gromacs
然后运行./configure
make
make install
如没有错误就可以了
现在安装成功，
体验gromacs
运行＃ luck
常用的gromacs文件有以下类型：
1.molecular topology files
分子拓扑文件，top file是pdb2gmx自动讲PDB格式文件转化生成的

2.molecular structure files
包括pdb gro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构文件，它们的不同在于格式，gro file还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用pdb格式的结构文件
另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件

3.molecular dynamics parameter files (mdp)
mdp files其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step  number of steps  tempratures pressure等等的参速

4.index files(ndx)

5.run input file (tpr)
将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是
top + gro + mdp + ndx = tpr
tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息
grompp程序处理所有的input文件生成tpr

6 trajactory files (trr)
轨道文件，需要ngmx命令读取，一开始有没有安装上ngmx，后来我重新安装了新的版本，成功了，
希望这些能对大家有所帮助

菜鸟入门，学习了

这几篇文章都是快两年前我写的
两年过去了 我对gmx的了解还是不多 太不用功了…………

gmx一定要安装在linux下么
要是用的winxp怎么办呢

这个内容是我自己写的，呵呵，是我边整理边写上去的。
需要文件：
1、gromacs-3.3.3.tar.gz
2、fftw-3.1.2.tar.gz
3 RasMol_2.7.4.2.tar.gz
首先安装fftw-3.1.2.tar.gz
4 xmgrace
tar -xzvf fftw-3.1.2.tar.gz
./configure --enable-float
make
make install
第二步安装RasMol_2.7.4.2.tar.gz
tar -xzvf RasMol_2.7.4.2.tar.gz
./configure
make
make install
运行RasMol试一下，如果出现
不能运行rasmol
则把解压目录下的文件rasmol拷贝到/usr/local/bin下
然后再执行rasmol试一下
第三步：安装gromacs
然后运行./configure
make
make install
如没有错误就可以了
现在安装成功，
体验gromacs
运行＃ luck
第四部：
安装xmgrace
gracehome上下载xmgrace
然后./configure
make
make install
就可以了
测试一下看看是否成功，如果有问题，同样copy 安装目录下的xmgramce到/usr/local/bin下就可以了


常用的gromacs文件有以下类型：
1.molecular topology files
分子拓扑文件，top file是pdb2gmx自动讲PDB格式文件转化生成的

2.molecular structure files
包括pdb gro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构

文件，它们的不同在于格式，gro file还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用

pdb格式的结构文件
另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。

genbox的output file是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件

3.molecular dynamics parameter files (mdp)
mdp files其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step  number of

steps  tempratures pressure等等的参速

4.index files(ndx)

5.run input file (tpr)
将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是
top + gro + mdp + ndx = tpr
tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息
grompp程序处理所有的input文件生成tpr

6 trajactory files (trr)
轨道文件，需要ngmx命令读取，一开始有没有安装上ngmx，后来我重新安装了新的版本，成功了，
希望这些能对大家有所帮助，如有问题，

http://www.mdbbs.org/thread-77-1-2.html
gromacs for windows版

嗯。。。。。。。。。

引用:

原帖由 tecpenguin 于 2008-7-1 16:41 发表
http://www.mdbbs.org/thread-77-1-2.html
gromacs for windows版

那该如何安装呢

windows安装软件的方式
双击就可以了

安装RasMol和xmgrace不成功！
rasmol软件包解压后没有configure，所以不能执行configure命令。还有其他安装方法吗？
xmgrace安装后，运行不成功，并且在安装目录下没有找到xmgramce，还有其他解决方法吗？

ubuntu上安装好像听简单的，只要在新利得中安装就行了，不知道跟搂住的有有什么区别，呵呵，不过我刚刚入门，还不太清楚，继续努力中

rasmol可以用win版的，然后wine执行

ubuntu下安装gromacs,如果能上网
在终端下输入命令：sudo apt-get install gromacs
就可以了
rasmol也一样
编译安装，我没有成功过，不知为什么。

good!

菜鸟入门，学习了