Gromacs的各个工具都很有个性，如果互相结合，可以做很多事情。
g_energy求系统轨迹各个能量的，一般跑完MD之后，使用g_energy处理ener.edr只能得到系统的各个能量项。但是如果想求系统中两个不同部分在模拟过程中的相互作用能量，那就要使用一些小窍门。
以下是实现的一个方法：
第一，根据原来的tpr文件建立一个新的tpr，在这个新的tpr中，明确定义感兴趣的组。这要用索引文件，见上文。
第二，用mdrun的" -rerun "参数指定原来的轨迹文件再跑一次模拟，这个过程很快。如果还想更快，可以使用trjconv把水分子去掉。这一个重复的模拟也产生轨迹文件，重要的是，还产生一个新的ener.edr文件，这个文件中包含了tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能量（库伦相互作用能，范德华相互作用能等）。
第三，再使用g_energy把各个能量项提出来，想要什么提什么。
嗯，结果非常好。不信你试试。

谢谢楼主！
希望以后多有这样的贴

版主最近很辛苦啊~~~，谢谢

非常感谢楼主！

应该感谢sesebobo

貌似直接用原始的trr文件是不行的,应该要先用trjconv把感兴趣的组从trr文件中分离出来以后在rerun才可以.

引用:

原帖由 qtzhou 于 2008-7-14 10:20 发表
貌似直接用原始的trr文件是不行的,应该要先用trjconv把感兴趣的组从trr文件中分离出来以后在rerun才可以.

lz的帖子已经提到过了

怎样才能利用index文件“明确定义感兴趣的组”？
有具体的例子吗？？
谢谢楼主！

好东西

非常感谢楼主