大家好。刚刚起步学习MD+MC.

我现在准备利用MC结合MD进行模拟，大致的方法，对于一个粒子，就是利用MC生成随机位移，同时利用MD方面势能升降的知识进行判别前面的位移是否可以接受。我的疑惑就是：

                   （1） 对于许多粒子构成的系统如何设置模拟的起始点呢？在起始点，人为地把这些粒子进行规则分布设置可以吗？
                        （2）如何确定模拟的终止点呢？是等到所有粒子不再移动吗？

以上就是我的问题，可能有些地方说的不太明白，还请高手们多多指教，谢谢！

我也有想过这个问题,初始的构象和位置对之后的模拟影响还是很大的,但是我不知道应该怎么前处理,我以前做过的体系一般采取能量优化的方法处理,希望有高手可以指点.

说说 个人对“ 初始位置对模拟的影响” 的理解

理论上来说，模拟结果跟粒子初始位置无关的，只要经过足够长的时间，系统都会达到同一个平衡结果

实际中，体系的势能曲面是有很多弯曲的，高低起伏，你肯定是想让系统达到势能曲面的最低点了，但是如果你的初始位置在某个局部极小值点（不是最低点），那有可能它很不容易走出这个极值点而趋向于到达最低点。但是有时候，这些局部极小值点的系统结构也挺重要的，比如在某些药物的设计中。

这个问题实际上是不可避免的，即便初始位置不是一个局部最低点，它也有可能后来掉到这个局部最低点之内的，从而带来麻烦。

就是说好的初始位置，会很快达到那个衡态点（势能低点,可能是局部），不好的初始位置则会消耗较长的时间。

以上信息，也谢谢跟 alibaba的讨论

我 呢，则采用初始面心结构放置粒子，以Maxwell分布给予初速度，我想这样会比较合理！

同意fatcharm观点，严格的讲，只要我们可以做“无限”时间的运算，初始位置是什么构型并不重要，最终都会达到global minimum. 但是我们不能做无限时间模拟，所以对于某些复杂体系，初始条件就显得很重要。

但是估计楼主现在做的应该是简单体系，比如一堆球形particle之类的。。。如果是这样的简单体系，初始条件没有那么敏感，你可以简单把粒子放在晶格上，计算机的误差会让所有的粒子动起来的，当然如果给出速度就最好了（只要是注意保证系统的总momentum是零，否则你将来所有time dependent的性质都是不对的）。

模拟终止并非是粒子不再移动了，实际上粒子是不可能不再移动的。。。否则这个系统就到了绝对零度了。。。模拟终止是说：1.系统达到平衡（所谓动态平衡）2.在平衡情况下继续运行，并且得到了足够多的统计数据。分子模拟所要得到模拟任何性质，都是在统计下才有意义

[ 本帖最后由 xubest 于 2008-8-26 04:33 编辑 ]

如果是很小的体系（小于几十个原子），那末，用各种方法（速降法等）找到global mimina很有必要，否则就像超哥所说，很容易陷在local mimina里，因为对于汉密尔顿体系来说，是个积分体系，沿着相空间变分，不一定会到达global minima。如果体系比较大的体系（几千个原子）,势能面虽然也是有高有低，但是相对小体系平滑了许多， 即使你不区分local和global的区别，对于一些性能的计算，没有大的数值差别(这个话不严密，要注意条件）。fcc加麦克斯韦分布是普遍的做法，相对来说较快的进入平衡，对分子体系，分子的空间位相也要给个合适的分布，初始条件没有绝对的标准。