来这个版的朋友大概都是打算或者正在学习gromacs的，也有是gromacs的高手，对于新手学习我有一点小小的建议。
论坛上有很多资料让刚刚学习的朋友找不到头绪，其实这个时候不要着急去真正的去做，倒不如静下来把gromacs的menul看一看， 尤其第3、4障，看完了你对gromacs和分子动力学有所了解了，你可以安装gromacs，做一些例子，做的过程中遇到困难可以再去看手册，或者来论坛。我个人觉得这样的方式比较好。
下面是相关的一些资源
http://www.mdbbs.org/thread-2680-1-1.html  menual,也可以去下面的网址下载3.3的pdf版
http://www.namipan.com/d/GROMACS%20Tutorial.pdf/ebe8107888b302bedf96631c9f08caf8cf8d51efab692700
或者去gromacs网站下载最新的menual
其次比较有用的是
gromacs online reference http://cftcc.iccas.ac.cn/upload/doc/gmx/html/online.html
这个在你下载的软件包里也有
这个上面讲写sample，可以试着做一下。
安装的例子论坛里有，自己找找就可以了。
对于初学者还要经常关注我们的论坛。
就这些了，学习gromacs的老手们可以给补充一些，我也是刚刚学习，希望对大家有所帮助。

对于初学者是一条比较清晰的路线,我刚开始学的时候就直接作例子跑教程,虽然上手很快,但是跟没有学一样.支持版主^_^