我是一个新手
在做参数的时候
saveamberparm   prmtop文件和inpcrd文件  
时check的两个错误
第一个是总电荷不为零
（这个我也不会解决）
第二个如下
FATAL:  Atom  .R<LYS 2>.A<H23 23> does not have a type
FATAL:  Atom  .R<ASP 18>.A<H13 13> does not have a type
FATAL:  Atom  .R<ASP 24>.A<H13 13> does not have a type
FATAL:  Atom  .R<ASP 26>.A<H13 13> does not have a type
FATAL:  Atom  .R<LYS 33>.A<H23 23> does not have a type
………………………………
出错的全部是ASP和 LYS
分别是H13 13  和H23 23
个人觉得是不是说氢的类型不对啊
可是我的pdb是没有氢的 xleap应该是自己加的啊
希望大家可以帮助我 万分感谢
新手上路

电荷不为零，加水之后再加入中和离子，即可。
第二个问题没遇到过

电荷不是整数 已经加入中和离子了

电荷不是整数，没问题，这是系统误差。在溶液中加入中和粒子后，再check一下，总电荷应该为零。如果还不为零，我就不明白了

[ 本帖最后由 xzszhgd 于 2008-7-3 09:41 编辑 ]

先弄清楚那几个氢原子是什么样的，然后用set [原子] type [类型] 把那几个氢原子的type手动补上

His 改成 HIE 或HID, 然后对照amber9/dat/leap/lib/下面的HIE或HID进行原子一一对应

非常非常感谢大家的建议 问题已经解决了 是xleap本身的错误
我又试了一次就可以了 真的有点不好意思 出了问题头就晕了
以后要多尝试两次

楼上的朋友，能否告知如何解决的问题？我也出现想通的问题。十分困惑，谢谢

重新启动xleap 就解决了  
不知道你的是什么问题 再尝试一下吧