这篇文章是关于优化GROMOS 53A6力场里面关于主链构象的描述用于验证基于小分子的优化能否改善蛋白质模拟结果，主要包括：二面角优化和偏离中心的电荷模型。

这篇文章去年这个时间投出去的，可能因为暑假的原因，这次审稿时间是3个月，直接被拒并且reviewer提出了很多意见（很多意见都是很中肯的）。这时候验证部分是对5个蛋白在4个模型下的模拟，每个蛋白的每组力场下作四组从不同速度出发的模拟，每组模拟的时间是20ns。

根据修改一件，提高了量化计算的精度另外对蛋白质模拟加上数字格点优化。接着投jcc
一个月之后，修改，时间是5个月。
主要作的修改有：加长模拟时间，从20ns到100ns。5个蛋白在5组模型下的模拟。
                             增加两组小肽，因为小肽模拟对二面角更敏感。2组小肽在3组模型下的模拟，每个小肽的每组模型下作四组从不同速度出发的模拟，每组模拟的时间是200ns。
投出去，2个月之后才接收。

总结：这篇文章投稿历时一年，现在关于作方法要求的模拟时间相对以前变长了。

祝贺校友！
感觉力场近年发展很慢，最新的力场都是03，04年的

好赞哦，呵呵，期待我也能发一篇跟模拟相关的文章

“对蛋白质模拟加上数字格点优化”  是什么意思啊？

恭喜楼主！

我觉得力场发展过程是，新力场出来，大家应用并发现缺陷，然后进行改进，这几年对力场改进的文献还是很多的，主要有二面角修正，极化力场。
发展新力场相对应用方面本来就更麻烦一点，有时候可能作的很多工作对改进力场没什么作用。也有可能对小分子有用，对蛋白质大分子没用。

可否将文章贴出？或邮箱？sally719@sina.com对其中的量化部分很感兴趣

量化部分只计算丙氨酸二肽和甘氨酸二肽的关于主链二面角的自由能面, NMA二聚体的相对氢键受体原子处的键角.

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恭喜楼主！学习学习

恭喜恭喜。

恭喜楼主