分子模拟论坛 » 【AMBER】 » AMBER users 报到帖

‹‹ 上一主题 | 下一主题 ››

46 12 3 4 ››

发新话题

打印

[版面公告] AMBER users 报到帖

本主题由 daysmile 于 2008-7-13 15:40 置顶

homeboy

music man

创始人

Rank: 12

Gromacs Amber

帖子: 2680
积分: 394
威望: 121
金币: 6210
贡献: 0
讨论指数: 152
文献应助: 19

管理团队书籍分享

楼主大中小发表于 2008-7-4 02:23 只看该作者

AMBER users 报到帖

首先热烈欢迎各位来到分子模拟论坛----AMBER讨论版

为方便大家进一步的交流讨论，欢迎请大家回复此帖报到（注意：为了保持版面整洁，请大家不要新开主题帖，否则删帖），

按照以下格式报到：

您用AMBER来模拟哪方面的问题？ （比如生物相关，材料相关，界面相关等等，简单提及一下即可）

您常用的辅助工具一般是？ （包括可视化软件比如vmd，rasmol等等，和数据处理软件比如origin，grace等等）

按格式报到的同学给予10金币奖励。

版面的繁荣靠大家，谢谢大家对分子模拟论坛以及AMBER版的关心和支持。

搜索更多相关主题的帖子: AMBER 报到

为避免资源重复，发贴前请先搜素论坛，注意选择标题或者全文搜索
请多发好贴，多参加讨论交流
学术交流，灌水者请自重
分子模拟论坛站务信箱

TOP

adarain

ada

初级会员

Rank: 4

帖子: 121
积分: 17
威望: 8
金币: 60
贡献: 0
讨论指数: 1
文献应助: 2

勤奋勋章

沙发大中小发表于 2008-7-4 05:31 只看该作者

回复点击复制本帖地址楼主 homeboy 的帖子

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
生物相关
您常用的辅助工具一般是?
VMD Xmgrace, Sigmaplot.

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:57

TOP

sobereva

sobereva

论坛元老

Rank: 8 Rank: 8

安钻迷

帖子: 488
积分: 610
威望: 181
金币: 98
贡献: 0
讨论指数: 248
文献应助: 0

技术精英热心会员勤奋勋章原创先锋书籍分享卓越贡献

板凳大中小发表于 2008-7-4 07:14 只看该作者

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
生物相关
您常用的辅助工具一般是？
xmgrace origin VMD

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:57

世态炎凉，壮志难酬

TOP

riley81520

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

帖子: 9
积分: 6
威望: 3
金币: 25
贡献: 0
讨论指数: 0
文献应助: 0

地板大中小发表于 2008-7-4 08:31 只看该作者

本人最主要做结合自由能计算。MMPBSA，
用VMD可视化
用grace处理数据

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:57

TOP

youmufeng

初级会员

Rank: 4

帖子: 99
积分: 15
威望: 3
金币: 136
贡献: 0
讨论指数: 9
文献应助: 0

5楼大中小发表于 2008-7-4 08:50 只看该作者

想用AMBER做生物相关
您常用的辅助工具一般是
xmgrace VMD

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:58

TOP

yyhsz04

小白

初级会员

Rank: 4

gromacs sybyl

帖子: 307
积分: 26
威望: 6
金币: 626
贡献: 0
讨论指数: 14
文献应助: 0

热心会员勤奋勋章

6楼大中小发表于 2008-7-4 09:06 只看该作者

回复点击复制本帖地址楼主 homeboy 的帖子

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
靶标蛋白和药物分子相互作用相关
您常用的辅助工具一般是？
origin VMD
我现在需要用MMPBSA，做结合自由能计算。
虽然只是初学者,但是还是凑个热闹来报个道,以后在大家的帮助下相信可以进步的

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:58

阳光直树

TOP

xzszhgd

版主

Rank: 8 Rank: 8

帖子: 202
积分: 31
威望: 6
金币: 254
贡献: 0
讨论指数: 19
文献应助: 3

热心会员勤奋勋章

7楼大中小发表于 2008-7-4 09:52 只看该作者

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
生物相关用MMPBSA，做结合自由能计算分子动力学模拟
您常用的辅助工具一般是？
origin VMD discovery—studio

本帖最近评分记录

fatcharm 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 11:58

TOP

xxx

初级会员

Rank: 4

帖子: 141
积分: 15
威望: 7
金币: 23
贡献: 0
讨论指数: 1
文献应助: 0

勤奋勋章

8楼大中小发表于 2008-7-4 14:51 只看该作者

回复点击复制本帖地址楼主 homeboy 的帖子
您用AMBER来模拟哪方面的问题？
生物相关
您常用的辅助工具一般是?
VMD Matlab

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 16:57

TOP

msfm

今天你simulation了没有，肥波？ ...

初级会员

Rank: 4

Gromacs Amber 自编

帖子: 150
积分: 32
威望: 6
金币: 440
贡献: 0
讨论指数: 20
文献应助: 0

技术精英热心会员勤奋勋章

9楼大中小发表于 2008-7-4 18:16 只看该作者

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
比如生物相关

您常用的辅助工具一般是？
可视化软件比如vmd，rasmol等等
数据处理软件比如origin，grace等等

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎来到Amber版 2008-7-4 18:20

TOP

elvis.lee

绝不孤独

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

初来乍到

帖子: 41
积分: 6
威望: 3
金币: 172
贡献: 0
讨论指数: 0
文献应助: 0

10楼 大中小发表于 2008-7-4 21:43 只看该作者

我主要用amber模拟蛋白和小分子配体的作用情况！
我也是刚刚用，跟着网上的例子尝试！
辅助软件暂时只用到vmd

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎多参加本版讨论 2008-7-5 21:09

elvis.lee

TOP

feconi

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

帖子: 76
积分: 2
威望: 1
金币: 50
贡献: 0
讨论指数: 0
文献应助: 0

11楼 大中小发表于 2008-7-5 02:54 只看该作者

模拟DNA和小分子配体的作用情况
可视化软件比如vmd，rasmol
数据处理软件origin

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎多参加本版讨论 2008-7-5 21:10

TOP

daysmile

天笑

版主

Rank: 8 Rank: 8

帖子: 98
积分: 44
威望: 15
金币: 305
贡献: 11
讨论指数: 14
文献应助: 0

技术精英热心会员勤奋勋章我型我秀管理团队

12楼 大中小发表于 2008-7-5 10:16 只看该作者

生物相关
rasmol vmd
original

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎多参加本版讨论 2008-7-5 21:10

TOP

Gump683

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

帖子: 38
积分: 2
威望: 1
金币: 1
贡献: 0
讨论指数: 0
文献应助: 0

13楼 大中小发表于 2008-7-5 14:49 只看该作者

报道

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
生物相关 MM-PB/SA 结合自由能分子动力学行为
您常用的辅助工具一般是？
VMD discover-studio origin

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎多参加本版讨论 2008-7-5 21:10

TOP

qiyifei

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

帖子: 5
积分: 4
威望: 1
金币: 16
贡献: 0
讨论指数: 2
文献应助: 0

14楼 大中小发表于 2008-7-6 23:39 只看该作者

您用AMBER来模拟哪方面的问题？
蛋白模拟
您常用的辅助工具一般是?
VMD origin

本帖最近评分记录

cycle 金币 +10 欢迎多参加本版讨论 2008-7-6 23:43

TOP

huairpan

panda

正式会员

Rank: 3 Rank: 3

帖子: 19
积分: 4
威望: 2
金币: 170
贡献: 0
讨论指数: 0
文献应助: 0

15楼 大中小发表于 2008-7-7 09:07 只看该作者

用来模拟RNA的结构
辅助工具，暂时为VMD，其他的还没找到

本帖最近评分记录

homeboy 金币 +10 欢迎多参加论坛讨论 2008-7-7 15:08

一起加油努力！

TOP

今日热门主题

赞助商链接

本版最新回复

论坛之星

‹‹ 上一主题 | 下一主题 ››

46 12 3 4 ››

发新话题