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用“gOpenMol”制作静电势立体图

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发表于 2008-7-25 17:37:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
①(1) Gaussian”计算density和potential的*.cube文件:
②2.“gOpenMol-2.32”/install.bat安装
③3. Bin/rungOpenMol.bat/
Run/gCube2plt
/Input file name(“电荷密度的cube文件”);Output file name(“电荷密度的plt文件”)/Apply
④4. Input file name(“静电势的cube文”件);Output file name(“静电势的plt文件”)/Apply/Dismiss
⑤5.
File/Import/Coords/
“电荷密度的.plt.crd.文件”/Apply
⑥6“静电势的.plt.crd.文件”/Apply/ Dismiss
⑦7Plot/Contour/“电荷密度的.plt文件”/Import File/
⑧8 Plot/Contour/“静电势的.plt文件”/Import File/
⑨9 Mapping/1:No mapping/2: *.plt/Accept
⑩10 勾上“(1) *.plt”/
(11) 然后在 “define contour levels:”里填上“梯度值”“最小值”“最大值”例如“0.01 -0.1 0.1”/Apply/detail/Opacity“改变图的透明度如0.6~0.8间的0.7”
/Apply/
dismiss
(12) View/Atom Type/Licorice/“Cly值为键径大小”,“Sph值为原子球径大小”/Apply/dismiss
(13) Plot/Color Scale/on

彩图即出现”
(14)
Photoshop加工图片。
图9 “gOpenMol”制作静电势立体图


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发表于 2008-7-25 19:00:00 | 显示全部楼层
图很好看,什么时候学学
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发表于 2008-8-4 08:07:00 | 显示全部楼层
很好,谢谢
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发表于 2008-8-7 13:41:00 | 显示全部楼层
呵呵!挺实用的
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发表于 2009-9-14 09:42:00 | 显示全部楼层
恩恩刚开始学gOpenMole试试

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发表于 2009-9-23 11:19:00 | 显示全部楼层
谢谢分享!!!
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发表于 2010-1-30 23:33:00 | 显示全部楼层
学习了,谢谢
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