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关于长方体系统中, Ewald or PME 在gromacs里如何设置的问题

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发表于 2008-5-5 21:59:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教使用gromacs的问题,系统是长方体盒子,z边长比x,y边长大许多, 如果用PME or Ewald计算静电力,只考虑z方向上的静电相互作用,不考虑x,y方向上的静电相互作用,库仑半径为z边长的一半,(因为z边长的一半比x,y边长大许多了,所以如果rlist,rvdw,rcoulomb 如果设置为z边长的一半,会报错)那么请教大家,在mdp文件中应该如何设置?
[ 本帖最后由 cycle 于 2008-5-5 23:37 编辑 ]
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发表于 2008-5-5 23:42:00 | 显示全部楼层
请注意,pme也是ewald的一种,你说的应该是ewald summation
如果你只关心z方向的相互作用,你可以在计算的时候做这种处理,但是在模拟过程中做这种处理需要自己修改源代码,建议如果不是特别有必要不要做这种近似!
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 楼主| 发表于 2008-5-6 08:50:00 | 显示全部楼层
谢谢楼上的指点!我有这种想法是看了一篇文献,有这样的话:
In this simulation, Ewald summation is also employed for the Coulomb interaction, but the dimensions of the unit cell used in the Ewald summation are Lx,Ly,Lz. When the distance between two molecules is Lz/2 in the z direction, the Coulomb potential gradient with respect to the z direction is zero and the Coulomb potential gradients with respect to the x and y directions are so small that the Coulomb interactions are cut off at a distance of Lz/2 in the z direction.
所以我想,在x,y 边长比z边长大许多的长方体系统中,使用Ewald summation 计算静电长程作用力时,能否忽略x,y方向上的作用,只计算z方向上的作用?如果能,是如何实现的?:handshake
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发表于 2008-5-6 15:18:00 | 显示全部楼层
It is easy to implement, but not available in gmx without modified ewald.c. U can check the source code for details. What's the exact value of Lx, Ly, Lz?
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 楼主| 发表于 2008-5-6 16:33:00 | 显示全部楼层
homeboy,我找到了ewald.c,能详细告诉我应该怎么改么 ?
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发表于 2008-5-6 17:07:00 | 显示全部楼层
You need to rewrite the ewald summation function first, and rewrite the corresponding code. I am afraid it would be a hard work for you, but you should have a try. Come on now.
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 楼主| 发表于 2008-5-6 21:17:00 | 显示全部楼层
那我先理解理解ewald summation,谢谢楼上,我看懂了再来请教。
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