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rms命令问题

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发表于 2008-12-28 17:03:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
怎么能显示指定残基的平均rmsd呢?是用-a 选项吗?- a 选项怎么配参数?
这是我运行rms -sout_md-f out_md -a 1000 后的结果图
我一共有8790个残基, 29059个原子 (包括水)
两次都选 的systemgroup
另外,这两次选择有什么意义?
thanks
[ 本帖最后由 guoe2005 于 2008-12-28 17:17 编辑 ]
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 楼主| 发表于 2008-12-28 17:04:00 | 显示全部楼层
http://"http://p.qihoo.com/flash/single_ubb.swf
[ 本帖最后由 guoe2005 于 2008-12-28 17:21 编辑 ]
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 楼主| 发表于 2008-12-28 17:27:00 | 显示全部楼层
这是我的
能量最小化
em.dmp文件:

title=${MOL}
cpp=/usr/bin/cpp
define=-DFLEX_SPC
constraints=none
integrator=steep
dt=0.002; ps !
nsteps=100
nstlist=10
ns_type=grid
rlist=1.0
rcoulomb=1.0
rvdw=1.0
;
;Energy minimizing stuff
;
emtol=1000.0
emstep=0.01
约束位置
用的pr.mdp文件:
title=${MOL} position restraining
cpp=/usr/bin/cpp
define=-DPOSRES
constraints=all-bonds
integrator=md
dt=0.002 ; ps !
nsteps=  10000; total 1.0 ps.
nstcomm=1
nstxout=10
nstvout=1000
nstfout=0
nstlog=10
nstenergy=10
nstlist=10
ns_type=grid
rlist=1.0
rcoulomb=1.0
rvdw=1.0
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl=berendsen
tau_t=0.10.1
tc-grps=proteinnon-protein
ref_t=300300
; Pressure coupling is not on
Pcoupl=no
tau_p=0.5
compressibility=4.5e-5
ref_p=1.0
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel=yes
gen_temp=300.0
gen_seed=173529

模拟
用的md.mdp文件

title=${MOL} MD
cpp=/usr/bin/cpp
constraints=all-bonds
integrator=md
dt=  0.002 ; ps !
nsteps=10000 ; total 5 ps.
nstcomm=1
nstxout=50
nstvout=0
nstfout=0
nstlist=10
ns_type=grid
rlist=1.0
rcoulomb=1.0
rvdw=1.0
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl=berendsen
tau_t=0.10.1
tc-grps=proteinnon-protein
ref_t=300300
; Pressure coupling is not on
Pcoupl=no
tau_p=0.5
compressibility=4.5e-5
ref_p=1.0
; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel=yes
gen_temp=300.0
gen_seed=173529
请问大家我做的有什么问题吗?
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 楼主| 发表于 2008-12-28 17:33:00 | 显示全部楼层
energy分析势能分布在-4e+05到-3.95e+05范围内
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 楼主| 发表于 2008-12-28 17:42:00 | 显示全部楼层
在索引文件中指定了400个残基 , 用rms -sout_md-f out_md -a 1000 -n 并两次都选的指定的group,怎么残基还是4000个?
[ 本帖最后由 guoe2005 于 2008-12-28 17:47 编辑 ]
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 楼主| 发表于 2008-12-29 15:41:00 | 显示全部楼层
rms 怎么用来比较模拟前后的rmsd啊,急!! 明天就要报告老板了
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 楼主| 发表于 2008-12-29 15:59:00 | 显示全部楼层
知道了 是 -f 和 -f2 反了
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