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我跑膜蛋白的笔记,以及所用到的几个脚本

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发表于 2008-12-28 10:13:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
跑膜蛋白的笔记,以及所用到的几个脚本
以下了初次跑通的命令,方法很粗糙,如果有用的话,我会在休息的间隙,把注释补上!并且加图!
如果大家有什么建议的话,请回帖,谢谢!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------#选择蛋白力场,如果还要做小分子作用的朋友,建议使用G53a6力场;
#通过PRODRG Beta http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
#可以叫我容易的产生小分子的拓扑文件;
#关于小分子的电荷,可以通过Gaussian来算;
pdb2gmx-ff oplsaa -f beta3.pdb-o beta3gmx.pdb -p beta3.top
#由于所得到的磷脂双分子层其平面是与Z轴垂直的,
#故移动蛋白使其长轴与Z轴平行(选择Protein哦!)
editconf -f beta3gmx.pdb -o beta3princ.pdb -princ
#根据膜的盒子大小,对蛋白加相同大的盒子,并将它们的中心重合
editconf -f beta3princ.pdb -o beta3box.pdb-center 6.1415 6.05405 4.11115 -box 12.283012.10818.2223
#将蛋白嵌入膜中
genbox -cp beta3box.pdb -cs lipids.pdb -o beta3lipid.pdb
#调用自写的TCL脚本,裁剪膜的大小,脚本见附件
vmd -dispdev text -e size.tcl
#对膜和蛋白复合体加盒子
editconf -f sizeprolip.pdb -o complexbox.pdb -c -d 0.9
------------------------------------------------------
No velocities found
system size : 10.996 11.6547.628 (nm)
center:6.0705.8894.155 (nm)
box vectors : 12.283 12.1088.222 (nm)
box angles:90.0090.0090.00 (degrees)
box volume:1222.85(nm^3)
shift:0.4280.9380.659 (nm)
new center:6.4986.8274.814 (nm)
new box vectors : 12.996 13.6549.628 (nm)
new box angles:90.0090.0090.00 (degrees)
new box volume:1708.51(nm^3)
------------------------------------------------------
#初步加水,发现水越界
genbox -cp complexnewbox.pdb -cs-o complexwater.pdb
#缩小水盒子
editconf -f sizeprolip.pdb -o complexnewbox.pdb -center 4.6415 4.55405 4.11115 -box 9.28309.10818.2223
genbox -cp complexnewbox.pdb -cs-o complexwater.pdb
#进一步调整水盒子
editconf -f sizeprolip.pdb -o complexnewbox.pdb -center 4.8415 4.75405 5.11115 -box 9.68309.508110.2223
genbox -cp complexnewbox.pdb -cs-o complexwater.pdb
#调用自编脚本,得到磷脂上下层的坐标高度,以便删水
vmd -dispdev text -e systeminform.tcl
#将格式转成gro格式,为删水准备
editconf -f beta3lipidw.pdb -o beta3lipidw.gro
#调用自遍C程序删除,膜内部的水(代码见附件)
c:\delwater.exe -f systeminform.gro -o out.gro -z 7.4 3.3
--------------------------------------------------------------------------------------
#############初始结构构建完成###############
###膜中嵌蛋白的方法可以参加
http://simulation.5d6d.com/thread-8122-1-2.html
觉得三楼的附件写得!呵呵!
--------------------------------------------------------------------------------------
###加抗衡离子(mdp文件见附件)
grompp.mpid -f em_sd_pme.mdp -c beta3sys.pdb -p beta3sys.top -o beta3sys_sd0.tpr
genion -s beta3sys_sd0.tpr -o beta3ion.pdb -nname CL- -nn 14 -p beta3sys.top -g addion.log
###循环进行能量最小化
###一下要经过EM,PR,MD三个过程,很多命令是重复,上午没注意,
###个人觉得全列出来,会好些!
grompp.mpid -f em_sd_all.mdp -cbeta3ion.pdb -p beta3sys.top -o md_all_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_sd1.tpr -o md_all_sd1.trr -c afmd_all_sd1.pdb -e md_all_sd1.edr -g md_all_sd1.log &
grompp.mpid -f em_cg_all.mdp -cafmd_all_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_all_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_cg1.tpr -o md_all_cg1.trr -c afmd_all_cg1.pdb -e md_all_cg1.edr -g md_all_cg1.log &
grompp.mpid -f em_sd_all.mdp -cafmd_all_cg1.pdb -p beta3sys.top -o md_all_sd2.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_sd2.tpr -o md_all_sd2.trr -c afmd_all_sd2.pdb -e md_all_sd2.edr -g md_all_sd2.log &
grompp.mpid -f em_cg_all.mdp -cafmd_all_sd2.pdb -p beta3sys.top -o md_all_cg2.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_cg2.tpr -o md_all_cg2.trr -c afmd_all_cg2.pdb -e md_all_cg2.edr -g md_all_cg2.log &
grompp.mpid -f em_sd_all.mdp -cafmd_all_cg2.pdb -p beta3sys.top -o md_all_sd2.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_sd2.tpr -o md_all_sd2.trr -c afmd_all_sd2.pdb -e md_all_sd2.edr -g md_all_sd2.log &
grompp.mpid -f em_cg_all.mdp -cafmd_all_sd2.pdb -p beta3sys.top -o md_all_cg2.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_all_cg2.tpr -o md_all_cg2.trr -c afmd_all_cg2.pdb -e md_all_cg2.edr -g md_all_cg2.log &
grompp.mpid -f em_sd_mc.mdp -cafmd_all_cg2.pdb -p beta3sys.top -o md_mc_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_mc_sd1.tpr -o md_mc_sd1.trr -c afmd_mc_sd1.pdb -e md_mc_sd1.edr -g md_mc_sd1.log &
grompp.mpid -f afmd_mc_sd1.mdp -cafmd_mc_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_mc_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_mc_cg1.tpr -o md_mc_cg1.trr -c afmd_mc_cg1.pdb -e md_mc_cg1.edr -g md_mc_cg1.log &
grompp.mpid -f em_sd_mc.mdp -cafmd_mc_cg1.pdb -p beta3sys.top -o md_mc_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_mc_sd1.tpr -o md_mc_sd1.trr -c afmd_mc_sd1.pdb -e md_mc_sd1.edr -g md_mc_sd1.log &
grompp.mpid -f em_cg_mc.mdp -cafmd_mc_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_mc_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_mc_cg1.tpr -o md_mc_cg1.trr -c afmd_mc_cg1.pdb -e md_mc_cg1.edr -g md_mc_cg1.log &
--------------------------
grompp.mpid -f em_sd_ca.mdp -cafmd_mc_cg1.pdb -p beta3sys.top -o md_ca_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_ca_sd1.tpr -o md_ca_sd1.trr -c afmd_ca_sd1.pdb -e md_ca_sd1.edr -g md_ca_sd1.log &
grompp.mpid -f em_cg_ca.mdp -cafmd_ca_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_ca_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_ca_cg1.tpr -o md_ca_cg1.trr -c afmd_ca_cg1.pdb -e md_ca_cg1.edr -g md_ca_cg1.log &
grompp.mpid -f em_sd_ca.mdp -cafmd_ca_cg1.pdb -p beta3sys.top -o md_ca_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_ca_sd1.tpr -o md_ca_sd1.trr -c afmd_ca_sd1.pdb -e md_ca_sd1.edr -g md_ca_sd1.log &
grompp.mpid -f em_cg_ca.mdp -cafmd_ca_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_ca_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun -n beta3ion.ndx -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_ca_cg1.tpr -o md_ca_cg1.trr -c afmd_ca_cg1.pdb -e md_ca_cg1.edr -g md_ca_cg1.log &
grompp.mpid -f em_sd_pme.mdp -cafmd_ca_cg1.pdb -p beta3sys.top -o md_sd1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun-np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_sd1.tpr -o md_sd1.trr -c afmd_sd1.pdb -e md_sd1.edr -g md_sd1.log &
grompp.mpid -f em_cg_pme.mdp -cafmd_sd1.pdb -p beta3sys.top -o md_cg1.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun - -np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpid -s md_cg1.tpr -o md_cg1.trr -c afmd_cg1.pdb -e md_cg1.edr -g md_cg1.log &
------------------------------------------------
grompp.mpi -f heating_npt.mdp -cafmd_ca_cg1.pdb -p beta3sys.top -o heating.tpr-n beta3ion.ndx -np 4
mpirun-np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s heating.tpr -o heating.trr -c afmd_heating.pdb -e heating.edr -g heating.log &
------------------------------------------------
grompp.mpi -f md_nvt_pme.mdp -cafmd_heating.pdb -p beta3sys.top -o md_nvt.tpr -n afmd_heating.ndx-np 4
mpirun-np 4 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_nvt.tpr -o md_nvt.trr -c afmd_nvt.pdb -e md_nvt.edr -g md_nvt.log &
-----------------------------------------------
make_ndx -f afmd_nvt.pdb -o afmd_nvt.ndx
genpr -f afmd_nvt.pdb -o protein_all.itp -n afmd_nvt.ndx
genpr -f afmd_nvt.pdb -o protein_mc.itp -n afmd_nvt.ndx
genpr -f afmd_nvt.pdb -o protein_ca.itp -n afmd_nvt.ndx
grompp.mpi -f md_npt_all.mdp -cafmd_nvt.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_all.tpr -n afmd_heating.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_all.tpr -o md_npt_all.trr -c afmd_npt_all.pdb -e md_npt_all.edr -g md_npt_all.log &
-------------------
grompp.mpi -f md_npt_mc.mdp -cafmd_npt_all.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_mc.tpr -n afmd_heating.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_mc.tpr -o md_npt_mc.trr -c af_npt_mc.pdb -e md_npt_mc.edr -g md_npt_mc.log &
-------------------
grompp.mpi -f md_npt_ca.mdp -c af_npt_mc.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_ca.tpr -n afmd_heating.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_ca.tpr -o md_npt_ca.trr -c af_npt_ca.pdb -e md_npt_ca.edr -g md_npt_ca.log &
------------------
grompp.mpi -f md_npt_pme.mdp -caf_npt_ca.pdb -p beta3sys.top -o md_npt.tpr -n afmd_heating.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt.tpr -o md_npt.trr -c afmd_npt.pdb -e md_npt.edr -g md_npt.log &
--------------------------------------------------------
grompp -f em_sd_pme.mdp -c afmd_cg1.pdb -p beta3sys.top -o afmd_cg1.tpr
genion -s afmd_cg1.tpr -o afmd_cgcl.pdb -nname CL- -nn 77 -p beta3sys.top -g addion.log
grompp -f em_sd_pme.mdp -c afmd_cgcl.pdb -p beta3sys.top -o afmd_cgcl.tpr
genion -s afmd_cgcl.tpr -o afmd_cgion.pdb -nname NA+ -nn 77 -p beta3sys.top -g addion.log
-------------------------------------------------------
make_ndx -f afmd_cgion.pdb -o afmd_cgion.ndx
grompp.mpi -f em_sd_pme.mdp -cafmd_cgion.pdb -p beta3sys.top -o em_sd_pme.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s em_sd_pme.tpr -o em_sd_pme.trr -c em_sd_pme.pdb -e em_sd_pme.edr -g em_sd_pme.log &
grompp.mpi -f em_cg_pme.mdp -cem_sd_pme.pdb -p beta3sys.top -o em_cg_pme.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s em_cg_pme.tpr -o em_cg_pme.trr -c af_em_cg00.pdb -e em_cg_pme.edr -g em_cg_pme.log &
grompp.mpi -f heating.mdp -caf_em_cg00.pdb -p beta3sys.top -o heating.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s heating.tpr -o heating.trr -c af_heating.pdb -e heating.edr -g heating.log &
grompp.mpi -f md_nvt_pme.mdp -caf_heating.pdb -p beta3sys.top -o md_nvt.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_nvt.tpr -o md_nvt.trr -c afmd_nvt.pdb -e md_nvt.edr -g md_nvt.log &
grompp.mpi -f md_npt_all.mdp -cafmd_nvt.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_all.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_all.tpr -o md_npt_all.trr -c af_npt_all.pdb -e md_npt_all.edr -g md_npt_all.log &
grompp.mpi -f md_npt_mc.mdp -caf_npt_all.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_mc.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_mc.tpr -o md_npt_mc.trr -c af_npt_mc.pdb -e md_npt_mc.edr -g md_npt_mc.log &
grompp.mpi -f md_npt_ca.mdp -caf_npt_mc.pdb -p beta3sys.top -o md_npt_ca.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt_ca.tpr -o md_npt_ca.trr -c af_npt_ca.pdb -e md_npt_ca.edr -g md_npt_ca.log &
grompp.mpi -f md_npt.mdp -caf_npt_ca.pdb -p beta3sys.top -o md_npt.tpr -n afmd_cgion.ndx-np 8
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s md_npt.tpr -o md_npt.trr -c af_npt.pdb -e md_npt.edr -g md_npt.log &
tpbconv -s md_npt.tpr -f md_npt.trr -e md_npt.edr -time 6885 -o restart.tpr
mpirun-np 8 -machinefile ~/beta3MD/machine~/program/gromacs3/bin/mdrun.mpi -s restart.tpr -o md_nptre.trr -c af_nptre.pdb -e md_nptre.edr -g md_nptre.log &
[ 本帖最后由 shiyi09 于 2009-1-15 10:10 编辑 ]
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发表于 2008-12-28 13:22:00 | 显示全部楼层
原来跑一个要这么麻烦呢,见识了
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发表于 2008-12-28 15:52:00 | 显示全部楼层
写得不错,极详尽,不过你还是先加注释吧!不然有人会看不明白的! 当然,这对于你来讲并不是一件难事,不是吗?
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 楼主| 发表于 2008-12-28 17:22:00 | 显示全部楼层
好的!谢谢LS!等下加一下!
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发表于 2008-12-29 08:21:00 | 显示全部楼层
mdp文件见附件..... 可是我花了12个大洋(主要是第一次有提醒,后面居然没提醒直接下载,本以为不用大洋了,结果早上来一看,大洋已没,囊中羞涩呀),可问题是下载后却发现解压有问题,几三次结果都这样,而且里面没有heating.mdp之类,楼主能否发一个全的mdp到我的邮箱( afmcrystal365@sohu.com
)?不甚感谢!
[ 本帖最后由 wtscrystal 于 2009-1-6 17:59 编辑 ]
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发表于 2008-12-29 09:57:00 | 显示全部楼层
谢谢分享。
讨论几个问题。
[1] model membrane 由gromos力场构建,现用OPLS力场,力场混用是否会有问题?
[2] 加水盒子不用尝试,请用与membrane一样大小(X,Y)的盒子
[3]能量优化时,有没有遇到下面的错误,如何解决?
Warning: 1-4 interaction between 14751 and 14770 at distance 1.070 which is larger than the 1-4 table size 1.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file
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发表于 2009-1-4 13:11:00 | 显示全部楼层
大家跑一次都是那么大工程的吗?初学,看tutor都是很简单的一些命令
受打击啊。。
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发表于 2009-1-9 21:58:00 | 显示全部楼层
好像很深奥的样子~
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发表于 2009-1-17 16:27:00 | 显示全部楼层
谢谢啦
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发表于 2009-1-17 16:28:00 | 显示全部楼层
能加点注释吗??
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