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能量最小化问题

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发表于 2012-10-30 09:03:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
我仿照文献做了一个聚乙烯单根直链的模拟。
初始先进行了能量最小化。这是起初部分的in文件:
unitsmetal  # usable for AIREBO potentials
variable kB equal 1.3806504e-23# [J/K] Boltzmann
variable T equal 300 # temperature set
variable A equal 18.0 # solid cylinder chain, Area equals 18.0A^2
variable L equal 100.6 # length of chain
variable VV equal $A*$L # VV is Volume=pi*R*R*length
variable dt equal 0.00025# time step=0.25fs
variable s equal 1 # sample interval
variable p equal 40000 # correlation length
variable d equal $s*$p # dump interval
# Convert from LAMMPS real units to SIO units
variable eV2J equal 1.60217646e-19
variable A2m equal 1.0e-10
variable ps2s equal 1.0e-12
variable convert equal ${eV2J}*${eV2J}/${ps2s}/${A2m}
# Setup problem
dimension 3
boundary p p p
newtonon
atom_style atomic
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 1 every 1 check yes
read_data data.pe
pair_style airebo 3.0 1 1
pair_coeff * * CH.airebo H H H H C C H H
# Minimize if desired
min_style sd
minimize 1.0e-12 1.0e-18 100000 100000
但是我查看log,发现能量最小化过程如下:
min_style sd
minimize 1.0e-12 1.0e-18 100000 100000
WARNING: Resetting reneighboring criteria during minimization (min.cpp:173)
Memory usage per processor = 2.99857 Mbytes
Step Temp E_pair E_mol TotEng Press
   0    0 -963.95412    0 -963.95412 200.1855
  25    0 -2.0296928e008    0 -2.0296928e008 7.2179378e024
Loop time of 3.09375 on 1 procs for 25 steps with 242 atoms
Minimization stats:
Stopping criterion = linesearch alpha is zero
Energy initial, next-to-last, final =
  -963.954124921  -202969280.49  -202969280.49
Force two-norm initial, final = 273.999 6.71337e024
Force max component initial, final = 173.887 4.20216e024
Final line search alpha, max atom move = 1.46662e-058 6.16298e-034
Iterations, force evaluations = 25 704
Pairtime (%) = 3.09375 (100)
Neigh time (%) = 0 (0)
Commtime (%) = 0 (0)
Outpt time (%) = 0 (0)
Other time (%) = 0 (0)
Nlocal:  242 ave 242 max 242 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Nghost:  62 ave 62 max 62 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Neighs:  0 ave 0 max 0 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
FullNghs:13682 ave 13682 max 13682 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
Total # of neighbors = 13682
Ave neighs/atom = 56.5372
Neighbor list builds = 0
Dangerous builds = 0
我感觉能量最小化进行的不对,应该是初始结构的问题。
而且如果这个运算再进行下去,立刻就会丢失原子。
请高手指教,除了能量最小化还有没有其他优化结构的方法?
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 楼主| 发表于 2012-10-30 09:11:00 | 显示全部楼层
linesearch alpha is zero 这一句是什么意思呢?
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发表于 2012-11-1 08:03:00 | 显示全部楼层
CH.airebo 的能量不是连续的有些截断。所以sd或cg可能不太好
改成fire或quickmin这些动态min会好一点吧,
要不也可以试试连续来几个min看看情况会不会好一点。
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