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楼主

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发表于 2008-8-19 05:31 | 只看该作者

踩窝窝

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问候Ta

[讨论交流] 怎么选择盒子类型

相关搜索: 类型, 选择, 盒子

我想把盒子类型设成dodecahedron 型以节省空间，命令如下：
editconf -f input.pdb -bt dodecahedron -o -d 0.5
可是添加水分子以后在vmd里看到的图案好像还是长方体，而且蛋白质不在盒子中心，停留在边上，请问这是怎么回事？我应该怎么做？谢谢大家

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qtzhou

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沙发

发表于 2008-8-19 08:39 | 只看该作者

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问候Ta

-d 1.5 就可以了

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xiaoshijun

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wjwzl

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发表于 2008-8-19 09:05 | 只看该作者

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vmd里显示不出来的

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qwang

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地板

发表于 2008-8-20 00:08 | 只看该作者

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问候Ta

就是说虽然看着是正方体实际上不是罗？那用什么可以显示呢?

分子模拟论坛文集（第一卷）发布

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bridgeqbf

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5楼

发表于 2008-8-28 10:51 | 只看该作者

踩窝窝

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一直没有搞懂怎么选择盒子形状，所以一直用方形的

。有没有了解的，说道说道这个问题

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雪山飞狐

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6楼

发表于 2009-1-8 17:36 | 只看该作者

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我也遇到和楼主一样的问题，谁能解答一下？

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armeria

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7楼

发表于 2009-5-24 17:10 | 只看该作者

踩窝窝

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回复 6楼雪山飞狐的帖子

可以用trjconv这个命令改变坐标，选项-ur compact，如果是4.0以上版本，需要再加-pbc mol这个选项。

正十二面体是可以和立方体一样把空间填满的，所以editconf生成的正十二面体盒子里的坐标被周期性边界条件和平移转化成了一个长方体的内的坐标，这样直接看就觉得蛋白质不是在中心了，但这是个假象，只是依赖于坐标的选取，实际计算中Gromacs还是用的正十二面体的盒子的，trjconv这个命令可以改变坐标以更好地显示正十二面体的盒子。

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