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能用md做金属的东东吗?

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发表于 2007-9-14 19:58:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家讨论一下。是不是需要先用量化的东西算算阿。有直接的力场参数吗?
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发表于 2007-9-15 10:00:00 | 显示全部楼层
有,dl_poly
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 楼主| 发表于 2007-9-17 19:49:00 | 显示全部楼层
关键是怎么处理电荷的!!
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发表于 2007-9-29 09:49:00 | 显示全部楼层
MD做金属的话,电荷是用连续分布的电子云来处理的,似乎只能用来算应力断裂一类
[ 本帖最后由 minminchen8 于 2008-8-13 09:54 编辑 ]
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发表于 2011-4-3 20:27:00 | 显示全部楼层
MD完全可以做金属的,相关的文献很多,金属间力场计算的文献也很多
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发表于 2011-4-20 10:33:00 | 显示全部楼层
大家讨论一下。是不是需要先用量化的东西算算阿。有直接的力场参数吗?
wangchunlei 发表于 2007-9-14 19:58


It depends on what "东东" you are referring. If it's just simple ion solvation thermodynamics, then yes. These comman metal, such as Na+, Cl-, K+ or even divalent ions Ca2+, Mg2+ are parametrized in most force fields. Should be fine for ion hydration or metalloprotein modeling. However, most other ions don't have parameters. Polarzable force field, like AMOEBA might have the edge of modeling transition metal, including Zn2+, but it is not fully tested yet. So if you want to do MD with metal, stick with the normal stuff and simple metals. But if you are looking at weird metal and trying to study more complex system like metal alloy and things like that, classical methods won't serve you good. QM or QM/MM an alternative way
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