[讨论交流] 蛋白质插入磷脂双层中 相关搜索: protein

04023

前面大家提供的膜素材都是含有水分子的 现在我要纯的DPPC，当我把那个含水的dppc64坐标中的水去掉以后，在vmd中看发现有的dppc分子是散架的， 这个坐标能不能用来构建我的蛋白质／dppc的复合物？ 如何用我的这个蛋白质小分子来代替其中一个DPPC分子，从而得到我的起始坐标

[ 本帖最后由 04023 于 2008-8-23 16:39 编辑 ]

geffery

不要水是吧？看看这个行不行。可以的话自己再作些处理吧

geffery

结果如何？哥们。

交流交流。

04023

结构和我把那个将水分子删除的差不多 现在暂且用这个试试看

geffery

我是用DS把水分子删掉的。

你是怎么把蛋白插入的呢？

多交流。

04023

水分子我是直接删坐标就可以， 蛋白质的插入我也不知道合不合理， 我是通过将蛋白质放在与DPPC体系一样大小的盒子中， 可以在VMD中看看， 然后将这两个体系的坐标合并， 再将离蛋白质原子小于0.8A的DPPC分子去掉，就得到了 现在我正在进行restrain MD， 将蛋白质固定，做约束动力学平衡 结果还没出来

shiyi09

用gromacs，和vmd的tcl实现的吧！如果是自己跑的膜，加水的时候会加到膜的疏水区域中，这个有个烦！

geffery

我也把两条alpha螺旋肽链插到popc128膜里了，用DS做的，也删掉了0.8埃以内的脂原子和水分子。

我对你的做法有个疑问：“将离蛋白质原子小于0.8A的DPPC分子去掉”，你是将DPPC分子上的原子去掉吧？如果去掉分子，我相信你的蛋白附近就没多少DPPC分子了。

还有一个就是后期加水的问题：网上下载的膜模型中，水分子都是加在膜外侧亲水区，内部核心疏水区没有水分子，这种加水方法是如何实现的？我上次自己加了一次，只要有空隙，到处都是水分子，根本不管亲水区还是疏水区。

shiyi09

加水实现的方法可以参考这个：
http://wiki.gromacs.org/index.php/Membrane_Simulations
如果要用到下面的脚本的话，速度是比较慢的看体系！可以自己写个c或其他的！如果是跑抗菌肽的话，事先删掉膜，不知道是否合理！

shiyi09

更新真快，C版本的也出来了！呵呵！