[ 求助讨论 ] 蛋白质插入磷脂双层中

[求助讨论] 蛋白质插入磷脂双层中

protein

前面大家提供的膜素材都是含有水分子的现在我要纯的DPPC，当我把那个含水的dppc64坐标中的水去掉以后，在vmd中看发现有的dppc分子是散架的，这个坐标能不能用来构建我的蛋白质／dppc的复合物？如何用我的这个蛋白质小分子来代替其中一个DPPC分子，从而得到我的起始坐标

[ 本帖最后由 04023 于 2008-8-23 16:39 编辑 ]

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沙发

发表于 2008-8-23 17:07 | 只看该作者

踩窝窝

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不要水是吧？看看这个行不行。可以的话自己再作些处理吧

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fatcharm

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板凳

发表于 2008-8-25 15:03 | 只看该作者

踩窝窝

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结果如何？哥们。

交流交流。

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04023

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地板

发表于 2008-8-25 21:57 | 只看该作者

踩窝窝

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结构和我把那个将水分子删除的差不多现在暂且用这个试试看

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5楼

发表于 2008-8-26 14:59 | 只看该作者

踩窝窝

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我是用DS把水分子删掉的。

你是怎么把蛋白插入的呢？

多交流。

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04023

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6楼

发表于 2008-8-26 15:16 | 只看该作者

踩窝窝

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水分子我是直接删坐标就可以，蛋白质的插入我也不知道合不合理，我是通过将蛋白质放在与DPPC体系一样大小的盒子中，可以在VMD中看看，然后将这两个体系的坐标合并，再将离蛋白质原子小于0.8A的DPPC分子去掉，就得到了现在我正在进行restrain MD，将蛋白质固定，做约束动力学平衡结果还没出来

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jsbach

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shiyi09

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7楼

发表于 2008-8-29 11:14 | 只看该作者

踩窝窝

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用gromacs，和vmd的tcl实现的吧！如果是自己跑的膜，加水的时候会加到膜的疏水区域中，这个有个烦！

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jsbach

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8楼

发表于 2008-8-29 11:30 | 只看该作者

踩窝窝

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