[讨论交流] 计算MM_GBSA中能量分解时出现INT不等于0 INT, GBSA, 能量, 分解

Elizabeth

各位amber大虾，我在用MM_GBSA算binding energy 的时候，最后有好几项 Energy

ELE               -8.21       7.60
VDW              -20.20       2.07
INT               -4.72       1.09
GAS              -33.14       7.93
GBSUR             -3.08       0.16
GB                10.08       5.45
GBSOL              7.00       5.40
GBELE              1.86       4.77
GBTOT            -26.14       5.06

In the tutorial ,it's said the INT = internal energy arising from bond, angle and dihedral terms in the MM force field. (this term always amounts to zero in the single trajectory approach).

INT 应该是0的，可是我算的都不等于0，我的结果不能用？该怎么处理呢？

Thank you

daysmile

应该说接近0,binding 后bond, angle and dihedral都有可能发生变化的,

Elizabeth

thank you.daysmile.
你的意思是INT可以等于nonzero了。但是这种T1 method 其实相对于T3 method来说，就是忽略structure changes.but if the change too much,it will be not accurate.So any suggestion that I can make the INT<1 at least.

Thanks

xzszhgd

我认为，若果是单轨迹应该int=0，如果是三轨迹，int可以不为零

Elizabeth

我就是楼上的意见，所以啊，我的one trajectory 的话，INT不等于0怎么办呢？请高人指教。谢谢