[讨论交流] antechamber问题 相关搜索: amber

yanhekib

利用antechamber将pdb文件生成gzmat的in文件时出现这样的问题，我的分子是一个六元环肽，想做一下它的模拟，sander和安techamber都不识别，请教高手！先谢

sobereva

既然是多肽一般没必要用antechamber

比如找了个六元环肽cycli.pdb，
先进leap
temp={ARG ARG TYR TYR ARG PHE}
a=loadpdbusingseq cycli.pdb temp
bond a.1.N a.6.C
然后照常加抗衡离子、加溶剂，进行一般的模拟即可，和直链多肽没什么区别

如果你的多肽有特殊性，不妨发出来看一下。

[ 本帖最后由 sobereva 于 2008-8-26 04:27 编辑 ]

yanhekib

我的肽不是标准的残基

yanhekib

怎么不能加附件呢？

daysmile

可以加附件,但是要注意其大小,限制在512K以下:)

xzszhgd

antechamber不能识别，这应该是你的分子结构有问题，我建议你先用高斯进行简单的优化，再来做antechamber的转换

yanhekib

谢谢各位