分子模拟论坛 » 【AMBER】 » antechamber问题

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楼主

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发表于 2008-8-25 21:18 | 只看该作者

[讨论交流] antechamber问题

利用antechamber将pdb文件生成gzmat的in文件时出现这样的问题，我的分子是一个六元环肽，想做一下它的模拟，sander和安techamber都不识别，请教高手！先谢

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论坛元老

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沙发

发表于 2008-8-26 04:25 | 只看该作者

既然是多肽一般没必要用antechamber

比如找了个六元环肽cycli.pdb，
先进leap
temp={ARG ARG TYR TYR ARG PHE}
a=loadpdbusingseq cycli.pdb temp
bond a.1.N a.6.C
然后照常加抗衡离子、加溶剂，进行一般的模拟即可，和直链多肽没什么区别

如果你的多肽有特殊性，不妨发出来看一下。

[ 本帖最后由 sobereva 于 2008-8-26 04:27 编辑 ]

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1 评分次数

Thanks for suggestion 讨论指数 + 2 点

fatcharm

世态炎凉，壮志难酬

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板凳

发表于 2008-9-5 01:01 | 只看该作者

回复沙发 sobereva 的帖子

我的肽不是标准的残基

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地板

发表于 2008-9-5 01:02 | 只看该作者

怎么不能加附件呢？

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5楼

发表于 2008-9-7 10:41 | 只看该作者

可以加附件,但是要注意其大小,限制在512K以下:)

New MD, Great Amber!

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版主

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发表于 2008-9-8 09:02 | 只看该作者

antechamber不能识别，这应该是你的分子结构有问题，我建议你先用高斯进行简单的优化，再来做antechamber的转换

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Thanks for suggestion 讨论指数 + 1 点

daysmile

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7楼

发表于 2008-10-5 16:46 | 只看该作者

谢谢

谢谢各位

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