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chenjianzhong

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tT
发表于 2008-8-26 09:09 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

[讨论交流] HIV-1 蛋白酶的质子化问题如何解决呢

相关搜索: 质子, 蛋白酶, 解决
各位高手
       您们好， 请您们帮忙啊
       HIV-1 蛋白酶质子化存在几个状态，对ASP25的OD2质子化可以采用AMBER的默认状态， 但如何对ASP25的OD1质子化呢？
      拜托了
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sobereva

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沙发
发表于 2008-8-26 09:50 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
在氨基酸库中复制一份ASH的信息并改名，改其中氢连接关系、把OD1和OD2的原子类型和电荷互换。
然后用loadpdbusingseq指定读取时哪些ASP用哪种质子化方式。

[ 本帖最后由 sobereva 于 2008-8-26 09:57 编辑 ]
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  • fatcharm

世态炎凉，壮志难酬
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板凳
发表于 2008-8-26 14:24 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
楼上的方法很好，是不是应该改写一下H的位置，否则h的连接变了，但位置没变。
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chenjianzhong

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地板
发表于 2008-8-26 14:29 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
谢谢，楼上的两位，问题已经解决了， 太感谢了
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sobereva

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技术精英热心会员勤奋勋章原创先锋书籍分享卓越贡献论坛之星
5楼
发表于 2008-8-26 20:34 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

回复 板凳 xzszhgd 的帖子

不用改H的位置，因为力场参数中H-O平衡键长是固定的，跑的时候H就自动缩到OD1那边了。
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  • homeboy

世态炎凉，壮志难酬
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xzszhgd

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6楼
发表于 2008-8-26 20:48 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
楼上说的对，我多虑了
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c00jsw00

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发表于 2008-8-29 14:05 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
Dear all ,
Using the website(http://incob.binfo.org.tw) to solve the protonation state of the protein structure.
The Amber type topolofy and coordinates are given by the website.
Gook luck
Wang
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  • daysmile
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