返回列表 回复 发帖
jsbach

版主

Rank: 8Rank: 8

帖子
396 
精华
0 
积分
67 
威望
17 点 
金币
633 枚 
贡献
14 点 
讨论指数
33 点 
文献应助
1 枚 

热心会员勤奋勋章管理团队
楼主
打印
tT
发表于 2008-8-26 09:34 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

[心得总结] 蛋白MD的实验验证讨论

实验, 验证, 征集
homeboy觉得不好就删吧   我的经验很少  大家一起总结用过的八   关键是要又便宜又上来就可以做不复杂的~~~

荧光方面
可以做寿命  和  弛豫  比较便宜  但是一般只能说一个局部的大概变化   
此外如果你的蛋白不稳定  可以找它没有色氨酸荧光的亚基一起做   会好一些
ANS等疏水探针相当好用   可以和可溶剂化面积计算  结合

EPR
很老  但是可以看金属价态

等温滴定量热
测结合能的经典方法

可以用binding assay   还有  pull-down辅助一下



先写这些~~
1

评分次数

  • homeboy

本主题由 jsbach 于 2009-2-11 17:58 分类
收藏 分享 评分
回复 引用

订阅 TOP

jsbach

版主

Rank: 8Rank: 8

帖子
396 
精华
0 
积分
67 
威望
17 点 
金币
633 枚 
贡献
14 点 
讨论指数
33 点 
文献应助
1 枚 

热心会员勤奋勋章管理团队
沙发
发表于 2008-10-6 18:32 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
准备之后用的

激光共聚焦散射   测微粒大小   之前看过一个人 用在HSA上面
如果MD发现确实我的蛋白变松散了就可以用了  这个还是很敏感的

实际上测  是二聚体还是单体更好用   样平量少  给出的是分布图
回复 引用

TOP

jerry1986

中级会员

Rank: 5Rank: 5

帖子
255 
精华
0 
积分
54 
威望
7 点 
金币
680 枚 
贡献
0 点 
讨论指数
40 点 
文献应助
3 枚 

勤奋勋章热心会员
板凳
发表于 2008-10-6 21:02 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
我也来说说，对于二聚体以及寡聚体的检测，个人认为最好的方法是SEC，方便而且证据确凿，色谱图打出来跑不掉。
   对于二级结构，最好、也是最实际的方法是CD，它甚至可以直接计算出二级结构的含量，只是样品量和样品浓度的要求，有点心疼。。。。。。。。
    楼上的提到激光共聚焦，让我想起来了另一种好东东，动态光散射（DLS），它可以很好的得到蛋白质或者聚集体的size，以及不同size蛋白质的分布情况。不过普通的DLS是测不了蛋白体系的，需要加一个滤光片还是什么东西，没做过。。。。。。
    恩，暂时想起来这么多，不过捎带说了哈，我觉得验证MD最好的试验是X-ray，NMR，想想RMSD都能验证出来，啧啧。可惜咱没条件。
1

评分次数

  • fatcharm

舍簪笏于百龄，奉晨昏于万里
回复 引用

TOP

eming

初级会员

Rank: 4

帖子
78 
精华
0 
积分
14 
威望
5 点 
金币
89 枚 
贡献
0 点 
讨论指数
4 点 
文献应助
5 枚 
地板
发表于 2008-10-6 23:02 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta
binding assay  和 pull-down很实用，而且又不需要什么大的设备，适合我们这样的穷人来做
回复 引用

TOP

jsbach

版主

Rank: 8Rank: 8

帖子
396 
精华
0 
积分
67 
威望
17 点 
金币
633 枚 
贡献
14 点 
讨论指数
33 点 
文献应助
1 枚 

热心会员勤奋勋章管理团队
5楼
发表于 2008-10-7 00:38 | 只看该作者    踩窝窝   送礼物   问候Ta

回复 板凳 jerry1986 的帖子

我错了我错了
就是那个   写ps写头晕了  没有共聚焦  疯了。。。。。。
不过CD不费样品啊    现在都是小样品池  几百微升就够了    不需要装满   盖过光径就好   而且蛋白浓度高多少会混浊 反而不好

以前做荧光寿命时我们都有配的小垫抬高样品池  4ml  的装1ml就可以
还有一个窍门    你要判断光路  就把荧光仪的发射波长调成绿光，多少忘了  放白纸到里面  能看到很明显的绿点  抬高多少就有准了
这样我们用popop标样矫正， 发现不影响结果  精度和文献完全一样
回复 引用

TOP

返回列表