[讨论交流] 比较低级的问题，希望得到大家的答复 相关搜索: 答复

crazybride

我现在在模拟液态水(自己编程)

问几个低级的问题

1.模拟的是NVT系综，不知道温度的标定是每一步都要进行，还是每个几步进行一次？我看到有人说判断过程中体系的温度，如果超过某范围在进行速度的标定，不知道大家都是怎样的频率，或者现在的软件中都是怎么样的？

2.在Ewald加和计算静电力的时候，倒易空间的势能是不是很小啊（相对于实空间的势能）？

3.自编程序的时候，模拟的步长应该怎样设置到最大从而提高计算效率。有的说跟能量的涨落有关，有的说跟化学键的振动时间有关，我现在设置的是1fs，真的不是一般的慢啊。

04023

(1) 温度的标定 我以前编的程序中是每一步进行一次温度标定  这样应该更好一些
（2）时间步长 第一个看相关文献别人怎么说的 1fs确实太短了 计算效率太低 稍微取大一点  我以前取的8fs 你可以取2fs看看

crazybride

先谢谢楼上的

我模拟烷烃的时候曾经将模拟步长设为2fs过，但是系统不稳定，跑跑就断掉了。书上说烷烃中CH键的振动时间最短，模拟步长应低于振动时间的1/10，只能设为1fs，是不是因为是从头计算的全原子模型，步长就不能再大了？

关于速度的标定问题，如果每一步都进行速度标定，那么会不会对速度相关函数等结果的分析产生影响？因为每一步都人为的改变了它们的速度啊。

only1892

1. 每一步都对温度进行 thermostat
2.K space 的 contribution 取决于你的 cutoff，一般 real space cutoff (for Ewald summation) 取决于你的 system 的 size, 而K space cutof f则取决于 alpha 系数, cutoff in real space 等等. 总之 Ewald summation 很依赖取 的cutoff.
3. Just testing......

crazybride

原帖由 only1892 于 2008-8-26 11:56 发表
1. 每一步都对温度进行 thermostat
2.K space 的 contribution 取决于你的 cutoff，一般 real space cutoff (for Ewald summation) 取决于你的 system 的 size, 而K space cutof f则取决于 alpha 系数, cutoff in r ...

非常感谢

我也曾看过关于截断选取的文献，也试了几组值，发现倒易空间势能项一直很小。
我怕这个错了，那么后面的用到水的程序不就更错了么？

04023

原帖由 crazybride 于 2008-8-26 10:14 发表
先谢谢楼上的

我模拟烷烃的时候曾经将模拟步长设为2fs过，但是系统不稳定，跑跑就断掉了。书上说烷烃中CH键的振动时间最短，模拟步长应低于振动时间的1/10，只能设为1fs，是不是因为是从头计算的全原子模型，步长 ...

不同的体系， 模拟时间步长的选取还是有差别  你可以看看文献，别人选取的多少，另一方面，你要进行恒温， 你过一段时间再标定， 体系的温度说不定偏离你的设定温度较远， 再进行校正， 体系的恒温效果不一定好，实际上你每步进行标定，温度有时偏离也较大 我觉得这个对速率相关的分析影响不大

[ 本帖最后由 04023 于 2008-8-26 15:10 编辑 ]

homeboy

1) Do you know "Velocity Scaling" schemes? The setting of thermostat depends on the acceptance of ensemble you choose.

2) I agree with only1892. The contribution of reciprocal space could be larger than real space with a different set of parameters. The question would be which one is more reasonable to your system.

3) You can use constraint algorithms (SHAKE or LINCS) to make a 2fs simulation available, but I am afraid the key problem is the efficiency of parallel computing.

DIMI

第二个问题，对于液态水的情况我不太了解，但我做的离子晶体，当晶体对称性（如NaCl）很好的时候，选取较为接近的cutoff参数计算，发现Real space和Reciprocal space的贡献很接近，但是当换成如SiO2类的晶体计算，选取一定范围的cutoff，发现Reciprocal space的贡献远小于Real space。我认为结果是可靠的，但如何解释还有待研究。

crazybride

原帖由 DIMI 于 2008-8-26 23:23 发表
第二个问题，对于液态水的情况我不太了解，但我做的离子晶体，当晶体对称性（如NaCl）很好的时候，选取较为接近的cutoff参数计算，发现Real space和Reciprocal space的贡献很接近，但是当换成如SiO2类的晶体计算，选 ...

十分感谢