[讨论交流] 初次跑得一个结构，不知对不对，请大家指教 相关搜索: 指教, 结构

suny2005

大家好！我第一次用gromacs得到的结果，不知道对不对，请大家指教！
         初始结构被放在一个比较大的盒子里，然后在NPT系综下模拟了2ns，得到这样的结果，分子分散在盒子的四个角上，并且盒子好像也没有变小，这样的结果对不对呢？
        我的md.mdp文件如下

;  md in vacuo
;
; Input file
;
cpp                 =  /usr/bin/cpp
constraints         =  none
integrator          =  md
tinit               =  0
dt                  =  0.001
nsteps              =  2000000
init_step           =  0
nstcomm             =  1
nstxout             =  1000
nstvout             =  1000
nstfout             =  1000
nstcheckpoint       =  1000
ns_type             =  grid
pbc                 =  xyz
rlist               =  1.2
nstlist             =  5
morse               =  no
coulombtype         =  PME
rcoulomb            =  1.2
; Spacing for the PME/PPPM FFT grid
fourierspacing      = 0.12
; FFT grid size, when a value is 0 fourierspacing will be used
fourier_nx          = 0
fourier_ny          = 0
fourier_nz          = 0
pme_order           = 4
vdw_type            =  Shift
rvdw                =  1.0
rvdw_switch         =  0.9
DispCorr            =  EnerPres
Tcoupl              =  berendsen
tc-grps             = System
tau_t               = 0.1
ref_t               = 600
Pcoupl              = berendsen
Pcoupltype          = isotropic
tau_p               = 1.0
compressibility     = 4.5e-5
ref_p               = 1.0
gen_vel             = yes
gen_temp            = 600
gen_seed            = 173529
     是不是哪里出现了问题？

jlz3278

你要模拟的是四聚体的蛋白质吗？好想你没有放入溶剂吧。

suny2005

不是生物体系，只是一个简单的液体体系

wjy2003

哈哈，假期过得不错吧，能不能把你的模拟过程给说说，我最近也跑了一个小的体系练练手

04023

感觉比较怪哦  一个液体体系怎么会分散成四个部分呢  不过这个也不好说 不知道你的是什么液体体系， 如果要想判断自己做的是否正确，结果是否合理， 还是找一篇相关的文献来重复一下。

bridgeqbf

你的压力太小了，体系很难聚集。
re_p               = 1000.0

另外体系分成4部分，可能！是因为体系开始的密度太低，有的起始距离大于cut off。tau_p = 1000.0最有效了

PS：如果只是试试的话，建议库仑作用用cut off， PME太慢了，一般时间要花cut off的3倍以上

[ 本帖最后由 bridgeqbf 于 2008-8-28 10:48 编辑 ]

suny2005

bridgeqbf，谢谢您！我再试试！

homeboy

NPT？你这样做看过压强的output吗？

suny2005

是不是用g_energy这个命令得到的关于能量的变化曲线？下面这幅图就是整个过程的压力变化曲线，能在其中得到什么信息吗？

suny2005

to homeboy，是看用g_energy命令得到的有关压力变换的曲线吗？下面这幅图就是在整个过程中压力的变化曲线，能从其中得到什么信息呢？
           还有bridgeqbf说，我得到的这个结果可能是由于初始结构的密度太低造成的，可是我将体积减小后，在进行能量最小化时总是抱错， 错误信息是这样的
Stepsize too small, or no change in energy.
  Converged to machine precision,
   but not to the requested precision Fmax < 1000

   Double precision normally gives you higher accuracy.

   writing lowest energy coordinates.

    Steepest Descents converged to machine precision in 45 steps,
   but did not reach the requested Fmax < 1000.
   Potential Energy  = -1.8373166e+06
   Maximum force     =  1.5158329e+04 on atom 519
   Norm of force     =  3.1759754e+04
只要将体积增大，能量最小化就能进行，还有什么方法能解决这个问题吗？如果能减小体积，也会节省计算时间的。
    还有一个问题，我发现模拟结束后得到的gro文件中的体系的体积减小了，可是用VMD观察结果文件发现盒子的大小并没有发生变化，这是VMD显示的问题，还是我得到的结果不对呢？
    再请高人们指教！