[讨论交流] 关于分子所占界面面积的计算 相关搜索: 界面, 分子面积

crazybride

一般软件中关于分子所占界面面积的计算都是用什么方法进行统计的？

是统计分子坐标还是和分子之间的分布函数？

whss

同问..

yahoohoo

原帖由 crazybride 于 2008-8-27 16:54 发表
一般软件中关于分子所占界面面积的计算都是用什么方法进行统计的？

是统计分子坐标还是和分子之间的分布函数？

例如在我们所用的立方盒子中，分子模拟得到的界面平行于[;xy;]平面，位于 [;z=z_0;]处(这并不意味着界面是完美的平面，也是不可能的，存在一定的粗糙度是必然的)，我们总有办法可以判断出处在界面上的有哪些分子(这里我们通过比较分子的[;z;]坐标)。
一个简单而略显粗糙的办法是直接用界面面积除以界面分子数(一般情况下，界面面积等于[;L_xL_y;])，得到分子所占界面平均面积。
当然，还有更好的方法，例如我可以将界面分成一个个的三角形，那么整个界面的面积就等于这些三角形面积之和。显然，如果选取的三角形太小，例如一个三角形中的分子端基太少，那么面积对分子端基的排列非常敏感，误差就会很大；同样地，如果三角形太大，那么无异于上面的方法。也就是说，我们可以通过改变三角形的大小来减少统计误差。这里，三角形的大小可以通过改变组成三角形的端基个数来调整。参考文献： Julian Shillcock, J. Chem. Phys. 117:5048 (2002)

crazybride

非常感谢，真是好人一个啊
你提供的参考文献粗略地看了一下
很有启发

我之前看过的文献上是用分子质心的径向分布函数来计算的
具体过程没说
我根据它的径向分布函数和分子面积值推断是以径向分布函数的最小值为半径计算得到的圆面积

我开始还自己想将界面分成多个小矩形来计算呢

yahoohoo

分成三角形而不是矩形哦