[问题讨论] 关于vmd显示lammps生成的图像问题 vmd, lammps, 图像

sunysb

# minimization test

echo                screen
dimension           3
units                 real
atom_style          atomic
boundary            p p p

pair_style          lj/cut   1
neighbor            1  bin
neigh_modify        every   1

#read in coordinate information
read_data           data.try
group upper         id    2
group lower         id    1

# 预平衡

velocity            lower set 0 0 0 units box
velocity            upper set 0 0 0 units box
#fix                 1   lower planeforce 0 1 0

fix                 1 lower nve/noforce


#displace_atoms      upper move 0 1.107 0 units box


#fix                 3 upper addforce 0 1 0
#fix_modify          3 energy no
#minimize            1.0e-19 1.0e-19 100000000 100000000
fix                 4 all nve


timestep            1
thermo              1
dump                2   upper   custom   1   dump.try2  y fy vy
dump                1   all xyz 1 dump.try1
run                 100

以下是data.try文件

2        atoms               
1        atom types        

-3 3 xlo xhi
-3 3 ylo yhi
-3 3 zlo zhi


Masses        
               
1 1

Pair Coeffs

1  1.0  1.0   1

Atoms

1   1    0.0    0.0      0
2   1    0.0    1.1225      0

我在vmd里显示的时候应该能看到好多原子对不对？  因为我用的周期性边界条件
可是我怎么只能看到两个原子啊？

fatcharm

不是的，
如果你dump   xyz， 我记得这样VMD并不知道你在lammps里面设置的周期性边界条件（这个不是太确定，欢迎大家补充）

你可以dump atom，VMD导入的时候，注意选择下图中的Determine file type：


此时，要按照周期边界显示多个原子，如下图所示

VMD主菜单-> Graphics-> Representations...



我试了一下，这样有一点，即便是你在lammps里面边界条件设置为f，同样可以选择周期性显示，呵呵