[问题讨论] 拉伸时如何用npt系综 npt, 拉伸

微雨丁香

模拟晶体拉伸时，在拉伸的过程中(x向拉伸）如果用fix 1 all npt 300 300 0.1aniso NULL　NULL 0.0 0.0 0.0 0.0 ，则y.z 方向是收缩的，并且这两方向的应力近似为0，但x 向的应力好像不太对，变化特别缓慢，最大应力也很小，但若用fix 1 all nvt 300.0 300.0 进行拉伸，则拉伸时,y,z向不收缩，但应力算的要比用npt好的多，请问拉伸时应该怎样才能保证另外两个方向是收缩的，且拉伸方向的应力又是对的？

[ 本帖最后由 redream 于 2008-8-29 08:50 编辑 ]

redream

别人使用什么系综做拉伸的，你可以找文献参考一下

sunysb

我有几个疑问：
1。你为什么不用NVE呢？
2。在微观条件下你怎么知道泊松比是正的呢？就像你说的y，z方向是收缩的呢？

微雨丁香

我是想保证拉伸时体积不变，fix deform 命令介绍"volume"style的时候也 说：An alternative is to use fix npt aniso with zero applied pressure on those 2 dimensions .so that they respond to the tensile strain dynamically。

flowoer

是不是你的参数设置的问题，或者在拉伸之前要让系统平衡一段时间？
只是提一下，我也不知道对不对
我前两天也试着用fix deform 和 fix npt aniso 做拉伸的变形
不知道为什么 运行后 整个系统迅速膨胀，原子间作用势能降低为零，无法模拟变形。
我把fix npt ansio 里面的pdamp 设的很大（10000，采用lj 单位） 系统也会膨胀 但是勉强可以完成计算，结果没有变形
所以，问题还没解决。

redream

建议模拟时先用一个百个量级的原子模拟看看，理解一下命令真实的作用，不要直接做大系统。
这样不耗时，也容易看出命令的弊端或错误的真正原因，而且发到论坛上大家如果有代码和data也方便讨论。

szd419

呵呵
这几天一直忙着小组的report，
没常来，SORRY，超哥
对于拉伸的研究和非晶的研究，是我的专业
所以这个问题俺来答了
fix    1 all npt 0.01 0.01 0.1 aniso NULL NULL NULL NULL NULL NULL 0.75 drag 2.0
fix    2 all deform 1000 z erate -0.0005 x volume y volume remap v
谢谢

lwan

原帖由 微雨丁香 于 2008-8-28 16:40 发表
模拟晶体拉伸时，在拉伸的过程中(x向拉伸）如果用fix 1 all npt 300 300 0.1aniso NULL　NULL 0.0 0.0 0.0 0.0 ，则y.z 方向是收缩的，并且这两方向的应力近似为0，但x 向的应力好像不太对，变化特别缓慢，最大应力也 ...

把你的模拟过程贴上来看看

微雨丁香

大家帮我看看，拉伸时x 方向的应力好奇怪，不知道为什么，晕死，高手快帮忙阿，这是log 文件

微雨丁香

一开始三个方向压强都设为0时的到初始平衡态，再NPT拉伸，这样x方向的应力就先增大然后下降，再增大。我以为前面的驰豫时间不够长，就改成驰豫5万步，结果出现同样的结果，希望高手快点帮忙解决，非常感谢！