vmd显示box，为什么box的大小不发生变化？ vmd, box

suny2005

我做了一个NPT系综的模拟，得到的结果用vmd观察发现盒子的大小没有变化，但从gro文件看，盒子的体积是减小的，是vmd问题？还是我得结果有问题？请大家指教！

sobereva

这和你用的脚本有关，比如用的是vmd_draw_unitcell.tcl，读取的是当前帧的盒子信息(也就是此时你输入molinfo top get {a b c alpha beta gamma}得到的结果)，你在哪帧运行draw unitcell，画的就是哪帧的盒子，不随轨迹播放而变。对于粒子数较多的平衡体系盒子变化不大，比如蛋白-溶液体系，不必太在意。

suny2005

再问：上面的图就是我读取的最后一个结构的盒子信息，得到的盒子不是应该被分子充满吗？为什么会有这么大的空余空间呢？这样的周期体系中的液体分子不都不能连在一起了吗？

shihanlei

盒子是你最后一个的盒子尺寸。应该是充满的，你的是不是有真空，如果你不是填满的，就是你显示的那样，也可能有水填充没有显示。不过你的应该是真空下的，真实体系不会有你那样的形状吧？

wjy2003

lz模拟的是一个纯的溶剂体系,我想请教大家一个问题,为什么大家老是说真空呢?一个什么样的溶剂体系才不算是真空?

suny2005

我没有给初始结构加真空，是不是由于我的初始结构的密度太低造成的？可是我一旦将初始结构的体积减小，在能量最小化时总是出现错误
   错误信息是这样的
   Stepsize too small, or no change in energy.
  Converged to machine precision,
   but not to the requested precision Fmax < 1000

   Double precision normally gives you higher accuracy.

   writing lowest energy coordinates.

    Steepest Descents converged to machine precision in 45 steps,
   but did not reach the requested Fmax < 1000.
   Potential Energy  = -1.8373166e+06
   Maximum force     =  1.5158329e+04 on atom 519
   Norm of force     =  3.1759754e+04
  请大家帮我分析一下，有什么解决办法呢？

shihanlei

你的盒子里没有填满就是有真空啊。所以空间都被分子原子占据才可以