大家好,我在尝试使用geom=check guess=read关键词的时候,出现了下面的问题, Redundant internal coordinates taken from checkpoint file:
S1S2-newmethod-right.chk
Z-Matrix unexpectedly found in input stream.
然后就死掉了,请问是不是因为我使用了内坐标的原因? 由于我进行优化的时候是进行的固定优化所以使用内坐标,那么如何既能使用内坐标又能用geom=check guess=read来读取chk文件呢?

用了geom=check guess=read ,就不需要用坐标了。分子构型都从check中读取了

噢感谢一休. 那个错误的报告就解决了.
但是如果我在原来稳定结构的基础上进行其他优化的时候需要固定某个键长, 同时还要读取原稳定构型的chk文件,这样如果不写坐标就无法进行固定优化的控制啊?这种情况下该怎么办呢?

固定键长也不一定非要有座标啊！只要有原子排列的顺序就可以了！

感谢suny2005,但我还是不能够明白具体怎么做,还请多费心呵呵~~
以前我在固定键长进行优化的时候都是在内坐标的情况下, 这样来固定键长的:
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Cu
N                  1              B1
N                  1              B2    2              A1
N                  1              B3    2              A2    3              D1
O                  1              B4    4              A3    2              D2
.
.
.
H                 47             B47   13             A46   12             D45
H                 47             B48   13             A47   12             D46
H                 47             B49   13             A48   12             D47


   B2             2.18907715
   B3             2.07387453
   B4             1.90227509
.
.
.
   D45          142.35430029
   D46          -97.98935471
   D47           22.45639380

   B1             2.08608961
然后下面就是基组了.这样就固定了键长B1
现在如果不写分子坐标,我还真不知道该如何固定这个键长B1,还请详细指点,谢谢啦~~

我记得gaussian使用手册中关于固定键长的方法中有两种，其中一种提到必须明确加入关键字：Constant表示固定某一参数。所以我怀疑楼上是表示方式应该改为:
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Cu
N                  1              B1
N                  1              B2    2              A1
N                  1              B3    2              A2    3              D1
O                  1              B4    4              A3    2              D2
.
.
.
H                 47             B47   13             A46   12             D45
H                 47             B48   13             A47   12             D46
H                 47             B49   13             A48   12             D47

Variables:
   B2             2.18907715
   B3             2.07387453
   B4             1.90227509
.
.
.
   D45          142.35430029
   D46          -97.98935471
   D47           22.45639380
Constants:
   B1             2.08608961

后面的操作只需读取原稳定构型的chk文件geom=check guess=read，不需要重新输入Z坐标。

谢谢楼上的提示,我的做法其实是很您一致的,在B1处用一行空行与上面割开,其实就是固定的意思,程序会自动把最后一行固定住.
您的意思是不是,如果我用geom=check guess=read时,就不要再写下面的坐标部分
Cu
N                  1              B1
N                  1              B2    2              A1
N                  1              B3    2              A2    3              D1
O                  1              B4    4              A3    2              D2
.
.
.
H                 47             B47   13             A46   12             D45
H                 47             B48   13             A47   12             D46
H                 47             B49   13             A48   12             D47
直接后面跟固定坐标部分:
Variables:
   B2             2.18907715
   B3             2.07387453
   B4             1.90227509
.
.
.
   D45          142.35430029
   D46          -97.98935471
   D47           22.45639380
Constants:
   B1             2.08608961

是不需要再次输入坐标文件了，因为checkpoint文件中已经包含了上次计算中的所有坐标文件，只需用geom=check guess=read读出就行了。
后面的输入大致可以写为：
%chk=你存的checkpoint文件.chk
#opt.......geom=check guess=read......

注释行

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你试一试吧。

谢谢楼上的各位,终于明白到底怎么回事了,学会东西的感觉真好,谢谢各位哈~~

不用客气，大家相互交流才会进步的更快。

优化时Constants未必管用。采用moredundant， Freeze坐标才保险