我自己写了一个distance restrain 的进行md 模拟的_.mdp和_.top,大家帮我看看对不对，尤其是对_.mdp的最后一部分和_.top的[distance_restrain] 这部分。谢谢大家

我有一个疑问对于_.mdp中有个选项 define ,我设定 define=-DPOSRE,我查了资料说这项的设定是让gromacs把posre,itp文件包含到拓扑文件中，这样做是为了进行坐标限制性模拟，可是我根本就没有产生过posre.itp文件，不知道这个文件是不是默认的

原子间既然已经有bond参数了，再对它们进行距离限制没什么意义。

posre.itp是pdb2gmx过程中生成的，也可以用genpr生成，相对于初始位置进行限制，对于你的体系没有什么意义。

引用:

原帖由 sobereva 于 2008-9-4 19:18 发表
原子间既然已经有bond参数了，再对它们进行距离限制没什么意义。

posre.itp是pdb2gmx过程中生成的，也可以用genpr生成，相对于初始位置进行限制，对于你的体系没有什么意义。

哦，那我怎么限制bond的呢？是不是把kb设为0就可以了？还有.mdp文件的define那应该怎么设定呢？

我觉得energy minimization 的 mdp 里 应该写 define = -DFLEXIBLE
          part simulation         的  mdp 里 应该写  define = - DPOSRES，同时自己生成 posre.itp
          full   simulation         里不用写什么

还是不明白，我的体系应该怎么限制bond的呢，在这种情况下：distance_restrain 的.mdp文件的define那应该怎么设定呢？

不知道你为何要限制bond，对于你的体系，限制性动力学是没有任何用处的。
对bond做distance restraint距离限制，就和bond势能项重复了，distrance restaint本来就是个类似bond的振子势能项，没必要加上。distance restraint不是用在已经成键的原子间的。
如果非要限制化学键长度保持不变，可以在mdp中用constraint = all-bonds。

因为我的模拟体系，在文献中都被看成刚性的，所以对于co2我就限制他的键长了

引用:

原帖由 sobereva 于 2008-9-5 10:50 发表
不知道你为何要限制bond，对于你的体系，限制性动力学是没有任何用处的。
对bond做distance restraint距离限制，就和bond势能项重复了，distrance restaint本来就是个类似bond的振子势能项，没必要加上。distance r ...

sobereva,我这里还是不会distance restrain。因为我的体系中把co2看成刚性的了，在势能函数中没有考虑co2分子内的键的振动势能，只考虑了co2分子的键角势能和分子间的势能。所以我想问问，co2这个top怎么写，这么来限制分子间的振动势能。

你的做这个的目的 让我搞不懂。我理解的刚性系统，连angle dihedral 项也不该有。是一个原子间距 角度 二面角 完全没有变化的系统。
你要得到 angle dihedral项的能量，完全可以不去管 这个bond项的能量。g_energy 可以分开计算这些能量的。
但我 认为 你加再大的constrain 都不可能做到完全没有振动。

引用:

原帖由 wangchunlei 于 2008-9-7 20:42 发表
你的做这个的目的 让我搞不懂。我理解的刚性系统，连angle dihedral 项也不该有。是一个原子间距 角度 二面角 完全没有变化的系统。
你要得到 angle dihedral项的能量，完全可以不去管 这个bond项的能量。g_energy  ...

我是新手，可能没有说清楚把，我也不是想得到什么能量，
就是文献上说是体系是所有分子是刚性的，分子间的作用仅仅考虑 L-J和静电势能项，我的理解就是限制了分子内键结的势能项（即限制了bond, angel, angel dihefral 项），所以这里我用了constrain这个，来限制bond项或者其他项（当然可能不对，因为sobereva说，constrain 是用来限制非键原子之间的distance的）。
我想知道这样的体系刚性的分子的top文件怎么写的？