嗯。。。我对finite size effect得确没有系统深入的学习过，似乎也并没有多少argue的墨水
，就当学习咨询了。但是我觉得至少我们在“为什么有的体系中需要要某些特定系综”持类似观点？主要是为了让系统ergodic，比如相变和很多生物体系用NPT 。只是我觉得如果可以模拟的系统可以到达thermodynamic limit,我的系统足够的大，自然就不存在用哪种系综问题，所以我自己想当然的把它称之为finite size effect。看来我的这个词的理解不正确，不知道它已经有了更精确的含义，为了继续进行讨论。。。姑且把我认为的，换个名字，称之为box effect?
图上finite size effect对内能的影响被量化了，我在想。。。是不是对每一个系统都适用？另外。。。不知道finite size effect对于NVT的Helmholtz free energy，NPT的Gibbs free energy中的entropy的影响有没有被量化? 没有argue 的意思，纯粹个人求知欲，想学习一下。个人觉得现在这么多人做模拟，没有多少人会真正double一下体系尺寸，看看finite size effect对结果有没有影响？一般都是遇到解释不了的问题了，又确认没有错误的地方，才会做这种工作，从这个角度来说，很多人的确是在play games。当然，既然 finite size effect可以被量化，我同意我们有办法不play games。
至于PBC我始终保持我的观点 。有的体系中，PBC的存在会产生很多人因素，产生奇怪的现象。归根到底是它引入了现实中并不存在周期性。比如说lipid bilayer很多地方有curvature，但是假如我只模拟其中一小块，那基本上就是平的，同时由于PBC的存在，实际上模拟的是一个无限长的没有任何curvature 的lipid bilayer。另外举个比较极端的例子，比如我有A,B两种particle。 所有A particle彻底聚合成一个大球，极端一点，大球直径就是box size，B particle都在8个角上，如果把聚合的particle看成一个整体的话，PBC的存在不可避免让大球自己跟自己的image作用，程序里自然没有自己和自己作用的程序，但是PBC 的存在会自然而然影响到这种情况。所以很多做micelle的，有一团团聚合的，会尝试几个box size看看PBC的影响。
当然，我并不是说PBC产生的问题没有办法解决，也许我们真的有各种各样的方法来解决，但是这些问题总归都是因为PBC而产生的。我也不是说因为PBC有问题我就不用PBC了， PBC依然要用，我只是说模拟技术并非完美。很多时候artificially的解决一个问题后，会引起另外的意想不到的问题。
另外个人觉得argue这个词太aggressive。Discussion 比较好。
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本帖最后由 xubest 于 2008-9-7 02:45 编辑 ]
