各位GROMACS高手：
       首先用 g_hbond -f .xtc -s .tpr -hbn hbond.ndx
在hbond.ndx 中得到蛋白质与配体形成氢键的原子，
[ hbonds_Protein-LIG ]
   2460   2462   2853
   2460   2462   2855
   2457   2459   2853
   2457   2459   2855
   2334   2335   2853
   2334   2335   2855
   2311   2313   2853
   2311   2313   2855
  
我想要分析 2460 2462 2853 这个氢键的距离怎样随时间变化，我应该用怎样的命令分析？谢谢

首先将这两个原子分别定义到一个index.ndx中，然后再使用g_dist的时候做加入-n index.ndx选择刚才定义的原子就可以了

index.ndx 是不是这样做？
[ distances_1 ]
2460    2853
GROMACS算氢键供体与受体之间的距离，2460原子是供体N，2853是受体O。

g_dist -f .xtc -s .tpr -n index.ndx -o dist.xvg
但dist.xvg为：
@    title "Distance"
@    xaxis  label "Time (ps)"
@    yaxis  label "Distance (nm)"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "|d|"
@ s1 legend "d\sx\N"
@ s2 legend "d\sy\N"
@ s3 legend "d\sz\N"
0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  10.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  20.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  30.0000019    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  40.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  50.0000038    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  60.0000038    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  70.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
  80.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000    0.0000000
.....................................
................................
怎么距离都为0呢？

你先 make_ndx -f *.gro 随便产生一个 index 文件，然后把你 要得原子序号加入即可。
具体操作 可以 参见 mannal

make_ndx -f *.gro -o index.ndx会有提示的，两个原子是再一个index.ndx里面，分别定义为两个组输入a2460后回车，a2853后回车，q回车，g_dist时分别选择这两个组就可以了

可以算了，非常感谢帮助！