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[讨论交流] 求助：VMD为什么不显示小分子化合物

zhangtao

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楼主大中小发表于 2008-9-7 16:13 只看该作者

求助：VMD为什么不显示小分子化合物

各位：
用VMD打开一个含有血红素辅基PDB文件时，为什么只显示蛋白，而不显示血红素辅基？
请指教，多谢！

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jlz3278

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沙发大中小发表于 2008-9-7 17:02 只看该作者

你的PDB可以上传上来，大家帮你看下啊~

好好学习，天天向上！

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zhangtao

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板凳大中小发表于 2008-9-7 17:21 只看该作者

PDB文件肯定没问题，从protein data bank中download的

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地板大中小发表于 2008-9-7 17:26 只看该作者

回复板凳 zhangtao 的帖子

PDB没有问题就不代表VMD就识别
PDB文件里的小分子并不是标准的氨基酸残基有些情况下小分子的命名和格式不标准的话
VMD是不识别的

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xzszhgd 讨论指数 +1 Thanks for suggestion 2008-9-14 06:15

八千里路云和月

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zhangtao

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5楼大中小发表于 2008-9-7 17:45 只看该作者

那您的意思是要修改PDB文件中的小分子的格式了

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6楼大中小发表于 2008-9-7 18:19 只看该作者

回复 5楼 zhangtao 的帖子

如果VMD程序和PDB没有问题的话
只能修改PDB文件

八千里路云和月

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