itp2rtp，Programmed by Sobereva,V1.0
若有问题或发现bug请在
www.mdbbs.org中PM我
通过prodrg获得的小分子.itp文件中，原子的顺序总是发生变化，无法直接include使用。如果分子数目较少可以手动修改，但对于磷脂层这样分子数众多的情况就十分麻烦。
此程序对.itp的格式进行简单的转换，输入.itp文件，得到result.rtp，其中的内容可以拷进力场的.rtp中，在pdb2gmx中相应力场就认识了此分子。pdb2gmx读进去的结构如果原子顺序和itp中不符，输出的结构就会按照rtp中的顺序进行排列，与itp相符，使用这样的结构就可以直接在拓扑文件中include小分子.itp文件了。
使用方法：输入文件名即可，如c:\pop.itp
此处pop.itp为prodrg得到的.itp文件，不要修改prodrg生成后的.itp的格式。
注意：
建议用prodrg2.5的gromos96力场
http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta
此软件仅限于转换prodrg生成的.itp，对其它的.itp不适用。
如果经过prodrg处理后，itp里面原子名和数目都和最初结构文件一致，那么可以直接用pdb2gmx读入最初的结果文件。如果不一致，prodrg擅自增加了原子、改变了原子名，则应当用pdb2gmx读入prodrg处理后得到的结构，即加了极化氢和共轭环上的氢的结构。如果此分子是某个体系的一部分，要读入某个体系，则应当把整个体系所有此分子原始结构信息替换成prodrg处理后的结构。
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本帖最后由 sobereva 于 2008-10-21 12:14 编辑 ]
