[求助讨论] 计算氢键时出错

suny2005

初级会员

Rank: 4

帖子: 221
积分: 25
威望: 5
金币: 333
贡献: 0
讨论指数: 15
文献应助: 2

楼主大中小发表于 2008-9-7 21:49 只看该作者

计算氢键时出错

我在计算两个集团间的氢键数量时出现现面错误
Found 0 donors and 252 acceptors
No Donors found

-------------------------------------------------------
Program g_hbond, VERSION 3.3.3
Source code file: gmx_hbond.c, line: 1911

Fatal error:
Nothing to be done

这是什么原因呢？我的体系里面有H原子啊！itp文件是我自己写的，与这有关系吗？请大家帮忙！

[ 本帖最后由 suny2005 于 2008-9-7 22:06 编辑 ]

搜索更多相关主题的帖子: 氢键

TOP

suny2005

初级会员

Rank: 4

帖子: 221
积分: 25
威望: 5
金币: 333
贡献: 0
讨论指数: 15
文献应助: 2

沙发大中小发表于 2008-9-8 08:28 只看该作者

是不是在用g_hbond计算氢键时，他只默认OH和NH是donors，而O和N是acceptor啊！那遇到donors是CH，而acceptors是其它原子的时候怎么办呢？

TOP

bridgeqbf

中级会员

Rank: 5 Rank: 5

gromacs, material studio

帖子: 80
积分: 43
威望: 4
金币: 23
贡献: 0
讨论指数: 35
文献应助: 0

板凳大中小发表于 2008-9-9 10:36 只看该作者

你的猜测是对了。在源文件里面手动添加上去就可以了。以下是自528行开始的修改
   for (j=0; j<2; j++) {
      nr1=interaction->iatoms[i+1+j];
      nr2=interaction->iatoms[i+2-j];
      if ((*top->atoms.atomname[nr1][0] == 'H') &&
((*top->atoms.atomname[nr2][0] == 'O') ||
         ((*top->atoms.atomname[nr2])[0] == 'C') ||
   (*top->atoms.atomname[nr2][0] == 'N')) &&
in_list(nr1,isize,index) && in_list(nr2,isize,index))
      add_dh(ddd,nr2,nr1,grp);
   }

本帖最近评分记录